Revealing of Mycobacterium marinum transcriptome by RNA-seq.
Revealing of Mycobacterium marinum transcriptome by RNA-seq.
复制标题
通过 RNA 测序揭示海洋分枝杆菌转录组。
DOI：
10.1371/journal.pone.0075828
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Gao Q
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang S;Dong X;Zhu Y;Wang C;Sun G;Luo T;Tian W;Zheng H;Gao Q
转录组分析在揭示基因表达和转录水平调控的复杂性方面发挥了重要作用。RNA-seq是一种强大的转录组分析工具，它使用深度测序技术直接确定cDNA序列。在这里，我们利用RNA-seq来探索 海洋分枝杆菌（M. marinum），是研究结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，Mtb）致病机制的有效模型。在物理核糖体RNA去除步骤后，生成指数期和早期稳定期培养物的两个曲线。我们系统地描述了转录组，并分析了这两个阶段之间差异表达基因的功能。此外，我们预测了整个基因组中的360个操纵子，并且通过qRT-PCR验证了17个随机选择的操纵子中的13个。总的来说，我们的研究主要揭示了M。marinum转录组，这可能有助于更好地了解结核病发病机制的调控系统。
Transcriptome analysis has played an essential role for revealing gene expression and the complexity of regulations at transcriptional level. RNA-seq is a powerful tool for transcriptome profiling, which uses deep-sequencing technologies to directly determine the cDNA sequence. Here, we utilized RNA-seq to explore the transcriptome of Mycobacterium marinum (M. marinum), which is a useful model to study the pathogenesis of Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Two profiles of exponential and early stationary phase cultures were generated after a physical ribosome RNA removal step. We systematically described the transcriptome and analyzed the functions for the differentiated expressed genes between the two phases. Furthermore, we predicted 360 operons throughout the whole genome, and 13 out of 17 randomly selected operons were validated by qRT-PCR. In general, our study has primarily uncovered M. marinum transcriptome, which could help to gain a better understanding of the regulation system in Mtb that underlines disease pathogenesis.
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