A genome-wide identification analysis of small regulatory RNAs in Mycobacterium tuberculosis by RNA-Seq and conservation analysis.
A genome-wide identification analysis of small regulatory RNAs in Mycobacterium tuberculosis by RNA-Seq and conservation analysis.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0032723
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Di Serio C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Pellin D;Miotto P;Ambrosi A;Cirillo DM;Di Serio C
我们提出了一种新的小RNA（sRNA）鉴定方法。首先，我们通过链特异性程序构建有效的靶基因组（ETG）。然后，我们提出了一种新的生物信息学管道，主要基于两种类型信息的组合：第一种提供基于RNA-seq数据的表达图谱（Reads Map），第二种应用比较基因组学原理，生成保护图谱。通过叠加这两个地图，一个强大的搜索sRNA的方法。我们应用这种方法来研究结核分枝杆菌H37 Rv中的sRNA。这个生物信息学程序导致1948个候选sRNA的总列表。候选名单的大小与研究的目的和核查过程中使用的技术密切相关。我们提供的算法在识别注释的sRNAs在最近发表的三项研究报告的性能指标。
We propose a new method for smallRNAs (sRNAs) identification. First we build an effective target genome (ETG) by means of a strand-specific procedure. Then we propose a new bioinformatic pipeline based mainly on the combination of two types of information: the first provides an expression map based on RNA-seq data (Reads Map) and the second applies principles of comparative genomics leading to a Conservation Map. By superimposing these two maps, a robust method for the search of sRNAs is obtained. We apply this methodology to investigate sRNAs in Mycobacterium tuberculosis H37Rv. This bioinformatic procedure leads to a total list of 1948 candidate sRNAs. The size of the candidate list is strictly related to the aim of the study and to the technology used during the verification process. We provide performance measures of the algorithm in identifying annotated sRNAs reported in three recent published studies.
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