From delta to Omicron: S1-RBD/S2 mutation/deletion equilibrium in SARS-CoV-2 defined variants.
From delta to Omicron: S1-RBD/S2 mutation/deletion equilibrium in SARS-CoV-2 defined variants.
复制标题
DOI：
10.1016/j.gene.2021.146134
复制
发表时间：
2022-03-10
期刊：
影响因子：
3.5
通讯作者：
Mastronikolis N
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Papanikolaou V;Chrysovergis A;Ragos V;Tsiambas E;Katsinis S;Manoli A;Papouliakos S;Roukas D;Mastronikolis S;Peschos D;Batistatou A;Kyrodimos E;Mastronikolis N
2002/2003年冠状病毒相关的严重急性呼吸系统综合征（SARS-CoV），2012/2013年的中东呼吸系统综合征（MERS-CoV），特别是当前的2019/2021年严重急性呼吸系统综合征-2（SARS-CoV-2）对全球各国卫生系统的承受力产生了负面影响。SARS-Cov-2病毒属于β-CoV的谱系B，与BatCoVRaTG 13型具有很强的系统发育相似性。刺突（S）糖蛋白突出物-由两个亚基S1/S2组成-在病毒粒子表面上提供独特的冠状形成（冠）。关于它们的功能作用，S1代表主要的受体结合结构域（RBD），而S2参与病毒-细胞膜融合机制。2021年11月26日，世卫组织将新的SARS-CoV-2菌株命名为Omicron，来自希腊字母表中的字母“μικρο”，作为关注变体（B.1.1529变体）。这种新的变异可能与高传染性相关，导致感染性升高，并可能增加再感染率。其对发病率/死亡率的影响仍在调查之中。在本文中，分析和比较SARS-CoV-2 S RNA序列在定义的变体（Alpha到Omicron）中的改变，我们观察到一些关于S1-RBD/S2突变/缺失平衡的有趣发现，这些平衡可能影响和改变其活性。
Coronavirus-related Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS-CoV) in 2002/2003, Middle-East Respiratory Syndrome (MERS-CoV) in 2012/2013, and especially the current 2019/2021 Severe Acute Respiratory Syndrome-2 (SARS-CoV-2) affected negatively the national health systems’ endurance worldwide. SARS-Cov-2 virus belongs to lineage b of beta-CoVs demonstrating a strong phylogenetic similarity with BatCoVRaTG13 type. Spike (S) glycoprotein projections -consisting of two subunits S1/S2- provide a unique crown-like formation (corona) on virion’s surface. Concerning their functional role, S1 represents the main receptor-binding domain (RBD), whereas S2 is involved in the virus-cell membrane fusion mechanism. On Nov 26th 2021, WHO designated the new SARS-CoV-2 strain – named Omicron, from letter ‘’όμικρον’’ in the Greek alphabet - as a variant of concern (B.1.1529 variant). Potentially this new variant is associated with high transmissibility leading to elevated infectivity and probably increased re-infection rates. Its impact on morbidity/mortality remains under investigation. In the current paper, analyzing and comparing the alterations of SARS-CoV-2 S RNA sequences in the defined variants (Alpha to Omicron), we observed some interesting findings regarding the S1-RBD/S2 mutation/deletion equilibrium that maybe affect and modify its activity.
登录
查看更多内容
影响因子：
64.5
作者：
Hoffmann M;Arora P;Groß R;Seidel A;Hörnich BF;Hahn AS;Krüger N;Graichen L;Hofmann-Winkler H;Kempf A;Winkler MS;Schulz S;Jäck HM;Jahrsdörfer B;Schrezenmeier H;Müller M;Kleger A;Münch J;Pöhlmann S
通讯作者：
Pöhlmann S
影响因子：
8.8
作者：
Gobeil SM;Janowska K;McDowell S;Mansouri K;Parks R;Manne K;Stalls V;Kopp MF;Henderson R;Edwards RJ;Haynes BF;Acharya P
通讯作者：
Acharya P
SARS-CoV-2 基因组新突变对传播、疾病严重程度和疫苗开发的影响。
影响因子：
3.9
作者：
Akkiz H
通讯作者：
Akkiz H
影响因子：
64.5
作者：
Korber, Bette;Fischer, Will M.;Montefiori, David C.
通讯作者：
Montefiori, David C.
DOI：
10.2807/1560-7917.es.2020.26.1.2002106
发表时间：
2021-01
期刊：
Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin
影响因子：
--
作者：
Leung K;Shum MH;Leung GM;Lam TT;Wu JT
通讯作者：
Wu JT