Diagnostic Allele-Specific PCR for the Identification of Candida auris Clades.
Diagnostic Allele-Specific PCR for the Identification of Candida auris Clades.
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诊断等位基因特异性PCR用于耳念珠菌分支的鉴定
DOI：
10.3390/jof7090754
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发表时间：
2021-09-13
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Van Dijck P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Carolus H;Jacobs S;Lobo Romero C;Deparis Q;Cuomo CA;Meis JF;Van Dijck P
耳念珠菌是过去十年在世界范围内出现的机会致病性酵母菌。由于常见的多重耐药性 (MDR)、令人震惊的医院爆发和频繁的误认，这种真菌病原体对公共健康构成了重大威胁。基因组分析已经确定了五个不同的进化枝，它们与五个地理起源区域相关，并以毒力和耐药性等几种表型特征的差异为特征。耳念珠菌菌株的分型和进化枝的鉴定可以成为分子流行病学的有力工具，并且通过估计爆发和耐多药潜力可能具有临床重要性。由于耳念珠菌已导致全球疫情暴发，包括在低收入国家，因此快速且廉价地对耳念珠菌菌株进行分型非常有价值。我们报告了五种等位基因特异性聚合酶链反应 (AS-PCR) 测定法，用于鉴定耳念珠菌和基于内部转录间隔区 (ITS) rDNA 区域的保守突变和分支特异性基因簇的五个描述的耳念珠菌分支中的每一个。这种 PCR 方法提供了一种快速、廉价、无需测序的诊断工具，用于鉴定耳念珠菌、耳念珠菌分支，并有可能发现新的分支。
Candida auris is an opportunistic pathogenic yeast that emerged worldwide during the past decade. This fungal pathogen poses a significant public health threat due to common multidrug resistance (MDR), alarming hospital outbreaks, and frequent misidentification. Genomic analyses have identified five distinct clades that are linked to five geographic areas of origin and characterized by differences in several phenotypic traits such as virulence and drug resistance. Typing of C. auris strains and the identification of clades can be a powerful tool in molecular epidemiology and might be of clinical importance by estimating outbreak and MDR potential. As C. auris has caused global outbreaks, including in low-income countries, typing C. auris strains quickly and inexpensively is highly valuable. We report five allele-specific polymerase chain reaction (AS-PCR) assays for the identification of C. auris and each of the five described clades of C. auris based on conserved mutations in the internal transcribed spacer (ITS) rDNA region and a clade-specific gene cluster. This PCR method provides a fast, cheap, sequencing-free diagnostic tool for the identification of C. auris, C. auris clades, and potentially, the discovery of new clades.
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