Extension of the classical classification of β-turns.
Extension of the classical classification of β-turns.
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DOI：
10.1038/srep33191
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发表时间：
2016-09-15
影响因子：
4.6
通讯作者：
de Brevern AG
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
de Brevern AG
蛋白质的功能特性主要取决于其三维 (3D) 结构。这些特性通常是根据蛋白质二级结构来分配、可视化和分析的。 β-转角是继螺旋和β-链之后第三重要的二级结构。 β-转角根据中心残基的二面角 φ 和 ψ 的值进行分类。传统上，已经定义了八种不同类型的β-转角，而那些无法定义的则被归类为IV型β-转角。这种分类仍然是使用最广泛的。尽管如此，各种 IV 型 β 转角仍占 1/3 的 β 转角残基。设计了一种无监督的特定聚类方法来搜索 IV 类类别中经常出现的新转弯。 β 转角类型分配的经典规则是该方法的核心。四个最常出现的簇定义了新的 β 转角类型。出乎意料的是，这些被命名为 IV1、IV2、IV3 和 IV4 的类型代表了 IV 型 β 转角的一半，并且比许多先前建立的类型更频繁地出现。这些类型在结构和序列方面都显示出令人信服的特殊性，使得经典的 β 转角分类在 25 年来首次得到扩展。
The functional properties of a protein primarily depend on its three-dimensional (3D) structure. These properties have classically been assigned, visualized and analysed on the basis of protein secondary structures. The β-turn is the third most important secondary structure after helices and β-strands. β-turns have been classified according to the values of the dihedral angles φ and ψ of the central residue. Conventionally, eight different types of β-turns have been defined, whereas those that cannot be defined are classified as type IV β-turns. This classification remains the most widely used. Nonetheless, the miscellaneous type IV β-turns represent 1/3rd of β-turn residues. An unsupervised specific clustering approach was designed to search for recurrent new turns in the type IV category. The classical rules of β-turn type assignment were central to the approach. The four most frequently occurring clusters defined the new β-turn types. Unexpectedly, these types, designated IV1, IV2, IV3 and IV4, represent half of the type IV β-turns and occur more frequently than many of the previously established types. These types show convincing particularities, in terms of both structures and sequences that allow for the classical β-turn classification to be extended for the first time in 25 years.
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影响因子：
4.8
作者：
Becker, A;Kabsch, W
通讯作者：
Kabsch, W
影响因子：
4.8
作者：
de Sanctis, D;Dewilde, S;Bolognesi, M
通讯作者：
Bolognesi, M
影响因子：
14.9
作者：
Kruus E;Thumfort P;Tang C;Wingreen NS
通讯作者：
Wingreen NS
影响因子：
14.9
作者：
Bonet J;Planas-Iglesias J;Garcia-Garcia J;Marín-López MA;Fernandez-Fuentes N;Oliva B
通讯作者：
Oliva B
DOI：
10.1002/(sici)1097-0134(19981101)33:2
发表时间：
1998-11-01
期刊：
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND GENETICS
影响因子：
--
作者：
Creamer, TP
通讯作者：
Creamer, TP