The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.
The evolving SARS-CoV-2 epidemic in Africa: Insights from rapidly expanding genomic surveillance.
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DOI：
10.1126/science.abq5358
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发表时间：
2022-10-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
过去一年，非洲对 SARS-CoV-2 测序的投资导致生成的序列数量大幅增加，目前用于追踪非洲大陆疫情的基因组数量已超过 100,000 个。我们的结果显示，能够在国内进行测序的非洲国家数量有所增加，并强调本地测序可以实现更快的周转时间和更定期的常规监测。尽管测试比例较低，但这项基因组监测研究的结果强调了这一流行病的异质性，并揭示了非洲大陆上令人关注的变体，特别是 Alpha、Beta、Delta 和 Omicron 的独特传播动态。随着病毒的不断发展，非洲需要对诊断和基因组监测进行持续投资，而非洲大陆面临着许多新出现和重新出现的传染病威胁。这些投资对于大流行病的防范和应对至关重要，并将有利于非洲大陆在 21 世纪的健康发展。
Investment in SARS-CoV-2 sequencing in Africa over the past year has led to a major increase in the number of sequences generated, now exceeding 100,000 genomes, used to track the pandemic on the continent. Our results show an increase in the number of African countries able to sequence domestically, and highlight that local sequencing enables faster turnaround time and more regular routine surveillance. Despite limitations of low testing proportions, findings from this genomic surveillance study underscore the heterogeneous nature of the pandemic and shed light on the distinct dispersal dynamics of Variants of Concern, particularly Alpha, Beta, Delta, and Omicron, on the continent. Sustained investment for diagnostics and genomic surveillance in Africa is needed as the virus continues to evolve, while the continent faces many emerging and re-emerging infectious disease threats. These investments are crucial for pandemic preparedness and response and will serve the health of the continent well into the 21st century.
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乌干达 SARS-CoV-2 的主要进入途径和基因组多样性。
影响因子：
11.8
作者：
Bugembe DL;Kayiwa J;Phan MVT;Tushabe P;Balinandi S;Dhaala B;Lexow J;Mwebesa H;Aceng J;Kyobe H;Ssemwanga D;Lutwama J;Kaleebu P;Cotten M
通讯作者：
Cotten M
影响因子：
9.8
作者：
Hasell J;Mathieu E;Beltekian D;Macdonald B;Giattino C;Ortiz-Ospina E;Roser M;Ritchie H
通讯作者：
Ritchie H
DOI：
10.3390/v14030624
发表时间：
2022-03-17
期刊：
Viruses
影响因子：
--
作者：
Chouikha A;Fares W;Laamari A;Haddad-Boubaker S;Belaiba Z;Ghedira K;Kammoun Rebai W;Ayouni K;Khedhiri M;Ben Halima S;Krichen H;Touzi H;Ben Dhifallah I;Guerfali FZ;Atri C;Azouz S;Khamessi O;Ardhaoui M;Safer M;Ben Alaya N;Guizani I;Kefi R;Gdoura M;Triki H
通讯作者：
Triki H
DOI：
10.1126/science.abk0414
发表时间：
2021-11-19
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Brand SPC;Ojal J;Aziza R;Were V;Okiro EA;Kombe IK;Mburu C;Ogero M;Agweyu A;Warimwe GM;Nyagwange J;Karanja H;Gitonga JN;Mugo D;Uyoga S;Adetifa IMO;Scott JAG;Otieno E;Murunga N;Otiende M;Ochola-Oyier LI;Agoti CN;Githinji G;Kasera K;Amoth P;Mwangangi M;Aman R;Ng'ang'a W;Tsofa B;Bejon P;Keeling MJ;Nokes DJ;Barasa E
通讯作者：
Barasa E
影响因子：
--
作者：
N Agoti C;Githinji G;S Mohammed K;W Lambisia A;R de Laurent Z;W Mburu M;M Ong'era E;M Morobe J;Otieno E;Abdou Azali H;Said Abdallah K;Diarra A;Ahmed Yahaya A;Borus P;Gumede Moeletsi N;Fred Athanasius D;Tsofa B;Bejon P;James Nokes D;Isabella Ochola-Oyier L
通讯作者：
Isabella Ochola-Oyier L