The genetic diversity and evolutionary history of hepatitis C virus in Vietnam.
The genetic diversity and evolutionary history of hepatitis C virus in Vietnam.
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DOI：
10.1016/j.virol.2014.07.026
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发表时间：
2014-11
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Abe, Kenji
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li, Chunhua;Yuan, Manqiong;Lu, Ling;Lu, Teng;Xia, Wenjie;Pham, Van H.;Vo, An X. D.;Nguyen, Mindie H.;Abe, Kenji
越南有着独特的与外国交往的历史，这可能导致了多次引入外来的丙型肝炎病毒株与当地的丙型肝炎病毒株混合。在这项研究中，我们对236名越南人的核心-E1和NS5B区的丙型肝炎病毒序列进行了分析。我们鉴定了多个丙型肝炎病毒谱系：6a、6e、6h、6k、6l、6o、6p，两个新的变种可能代表了本土毒株；1a可能是从美国引进的；1b和2a可能起源于东亚；而2i、2j和2m可能是由法国探险家带来的。我们推断了四个主要亚型的进化史：1a、1b、6a和6e。得到的贝叶斯天际线图(BSP)一致显示，从1955-1963到1984年或之后，丙型肝炎病毒种群一直在快速增长，与越南战争时期相对应。我们还估计了丙型肝炎病毒的增长率，并重建了用于比较1a、1b和丙型肝炎病毒2亚型的系统地理树。
Vietnam has a unique history in association with foreign countries, which may have resulted in multiple introductions of the alien HCV strains to mix with those indigenous ones. In this study, we characterized the HCV sequences in Core-E1 and NS5B regions from 236 Vietnamese individuals. We identified multiple HCV lineages; 6a, 6e, 6h, 6k, 6l, 6o, 6p, and two novel variants may represent the indigenous strains; 1a was probably introduced from the US; 1b and 2a possibly originated in East Asia; while 2i, 2j, and 2m were likely brought by French explorers. We inferred the evolutionary history for four major subtypes: 1a, 1b, 6a, and 6e. The obtained Bayesian Skyline Plots (BSPs) consistently showed the rapid HCV population growth from 1955-1963 until 1984 or after, corresponding to the era of the Vietnam War. We also estimated HCV growth rates and reconstructed phylogeographic trees for comparing subtypes 1a, 1b, and HCV-2.
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