Badger--an accessible genome exploration environment.
Badger--an accessible genome exploration environment.
复制标题
DOI：
10.1093/bioinformatics/btt466
复制
发表时间：
2013-11-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Blaxter M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Elsworth B;Jones M;Blaxter M
摘要：由于测序和组装成本大幅下降，现在很容易生成高质量的基因组草案。然而，为一个新注释的基因组建立一个用户友好的可搜索网站和数据库并不简单。在这里，我们提出獾，一个轻量级的，易于安装的基因组探索环境，专为下一代非模型生物基因组。可用性：Badger是在GPL下发布的，可在http://badger.bio.ed.ac.uk/上获得。我们展示了两个工作示例：（i）源代码中包含的测试数据集，以及（ii）四个丝虫线虫基因组的集合。联系人：mark. ed.ac.uk
Summary: High-quality draft genomes are now easy to generate, as sequencing and assembly costs have dropped dramatically. However, building a user-friendly searchable Web site and database for a newly annotated genome is not straightforward. Here we present Badger, a lightweight and easy-to-install genome exploration environment designed for next generation non-model organism genomes. Availability: Badger is released under the GPL and is available at http://badger.bio.ed.ac.uk/. We show two working examples: (i) a test dataset included with the source code, and (ii) a collection of four filarial nematode genomes. Contact: mark.blaxter@ed.ac.uk
登录
查看更多内容
影响因子：
14.9
作者：
Flicek P;Ahmed I;Amode MR;Barrell D;Beal K;Brent S;Carvalho-Silva D;Clapham P;Coates G;Fairley S;Fitzgerald S;Gil L;García-Girón C;Gordon L;Hourlier T;Hunt S;Juettemann T;Kähäri AK;Keenan S;Komorowska M;Kulesha E;Longden I;Maurel T;McLaren WM;Muffato M;Nag R;Overduin B;Pignatelli M;Pritchard B;Pritchard E;Riat HS;Ritchie GR;Ruffier M;Schuster M;Sheppard D;Sobral D;Taylor K;Thormann A;Trevanion S;White S;Wilder SP;Aken BL;Birney E;Cunningham F;Dunham I;Harrow J;Herrero J;Hubbard TJ;Johnson N;Kinsella R;Parker A;Spudich G;Yates A;Zadissa A;Searle SM
通讯作者：
Searle SM
影响因子：
3
作者：
Han MV;Zmasek CM
通讯作者：
Zmasek CM
影响因子：
7
作者：
Stein, LD;Mungall, C;Lewis, S
通讯作者：
Lewis, S
影响因子：
3
作者：
Camacho C;Coulouris G;Avagyan V;Ma N;Papadopoulos J;Bealer K;Madden TL
通讯作者：
Madden TL
影响因子：
5.8
作者：
Mungall, Christopher J.;Emmert, David B.
通讯作者：
Emmert, David B.