CRISPR typing and subtyping for improved laboratory surveillance of Salmonella infections.
CRISPR typing and subtyping for improved laboratory surveillance of Salmonella infections.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0036995
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发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Weill FX
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Fabre L;Zhang J;Guigon G;Le Hello S;Guibert V;Accou-Demartin M;de Romans S;Lim C;Roux C;Passet V;Diancourt L;Guibourdenche M;Issenhuth-Jeanjean S;Achtman M;Brisse S;Sola C;Weill FX
理想情况下，沙门氏菌病实验室监测系统应基于分离株的快速血清分型和亚型分型。然而，当前的打字方法在速度和精度方面都受到限制。使用属于 130 个血清型的 783 个菌株和分离株，我们在此表明，一个名为 CRISPR（成簇规则间隔短回文重复序列）的新 DNA 重复家族在沙门氏菌中具有高度多态性。我们发现CRISPR多态性与血清型和多位点序列类型密切相关。此外，间隔微进化可以区分流行血清型中的亚型，从而可以一步进行分型和亚型分析。我们针对最流行的血清型鼠伤寒菌开发了一种高通量亚型分析方法。建立了一个开放的网络可访问数据库，提供血清型/间隔字典和基于这种创新、强大的分型和子分型工具的菌株追踪国际工具。
Laboratory surveillance systems for salmonellosis should ideally be based on the rapid serotyping and subtyping of isolates. However, current typing methods are limited in both speed and precision. Using 783 strains and isolates belonging to 130 serotypes, we show here that a new family of DNA repeats named CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats) is highly polymorphic in Salmonella. We found that CRISPR polymorphism was strongly correlated with both serotype and multilocus sequence type. Furthermore, spacer microevolution discriminated between subtypes within prevalent serotypes, making it possible to carry out typing and subtyping in a single step. We developed a high-throughput subtyping assay for the most prevalent serotype, Typhimurium. An open web-accessible database was set up, providing a serotype/spacer dictionary and an international tool for strain tracking based on this innovative, powerful typing and subtyping tool.
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