Reconstruction of cell population dynamics using CFSE.
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DOI：
10.1186/1471-2105-8-196
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发表时间：
2007-06-12
影响因子：
3
通讯作者：
Stark J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yates A;Chan C;Strid J;Moon S;Callard R;George AJ;Stark J
定量细胞分裂和死亡是许多生物科学研究的核心。荧光染料CFSE允许在体外和体内跟踪细胞分裂，并提供了丰富的信息源，用于测试细胞动力学模型。细胞分裂和死亡在单细胞水平上具有随机成分，在任何给定时间间隔内发生的概率在群体水平上也可能发生系统变化。这导致了增殖细胞群的异质性。分支过程提供了描述这种行为的自然方法。我们提出了一种基于似然的方法来估计细胞动力学分支过程模型的参数，使用cfse标记实验，并使用合成和实验数据集证明了其有效性。对CFSE的实际数据进行推理和模型比较，出现了一些统计问题，并提出了相应的处理方法。我们在这里描述的方法可以用来恢复（潜在可变的）分裂和死亡率的任何细胞群的分裂跟踪信息是可用的。
Quantifying cell division and death is central to many studies in the biological sciences. The fluorescent dye CFSE allows the tracking of cell division in vitro and in vivo and provides a rich source of information with which to test models of cell kinetics. Cell division and death have a stochastic component at the single-cell level, and the probabilities of these occurring in any given time interval may also undergo systematic variation at a population level. This gives rise to heterogeneity in proliferating cell populations. Branching processes provide a natural means of describing this behaviour. We present a likelihood-based method for estimating the parameters of branching process models of cell kinetics using CFSE-labeling experiments, and demonstrate its validity using synthetic and experimental datasets. Performing inference and model comparison with real CFSE data presents some statistical problems and we suggest methods of dealing with them. The approach we describe here can be used to recover the (potentially variable) division and death rates of any cell population for which division tracking information is available.
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DOI：
10.1073/pnas.70.4.1263
发表时间：
1973-01-01
影响因子：
11.1
作者：
SMITH, JA;MARTIN, L
通讯作者：
MARTIN, L
DOI：
10.1073/pnas.98.4.1655
发表时间：
2001-02-13
影响因子：
11.1
作者：
Hardy, K;Spanos, S;Stark, J
通讯作者：
Stark, J
影响因子：
2.7
作者：
LI, B
通讯作者：
LI, B
影响因子：
20.3
作者：
Holyoake, T;Jiang, XY;Eaves, A
通讯作者：
Eaves, A
影响因子：
2
作者：
León, K;Faro, J;Carneiro, J
通讯作者：
Carneiro, J