Detecting SARS-CoV-2 variants with SNP genotyping.
Detecting SARS-CoV-2 variants with SNP genotyping.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0243185
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发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Barker G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Harper H;Burridge A;Winfield M;Finn A;Davidson A;Matthews D;Hutchings S;Vipond B;Jain N;COVID-19 Genomics UK (COG-UK) Consortium;Edwards K;Barker G
从阳性SARS-CoV-2样本中追踪遗传变异可以获得关于爆发中传播的变异数量和可能的传播途径的关键信息，但对每个阳性SARS-CoV-2样本进行测序对于人口规模的测试和追踪操作来说成本过高。基因分型是一种快速、高通量和低成本的替代方法，可用于在许多环境中筛选SARS-CoV-2阳性样本。我们设计了一个SNP鉴定管道，使用测序的SARS-CoV-2样本鉴定遗传变异。我们的管道确定了一个最小的标记面板，可以定义不同的基因型。为了评估该系统，我们开发了一个基因分型面板，以检测从2020年3月至5月期间调查的SARS-CoV-2序列中识别的变体，并在2020年4月在英国西南部收集的50份储存的qRT-PCR阳性SARS-CoV-2临床样本中进行了测试。50个样本分为15个不同的基因型，从我们的50个样本中随机选择的任何两个样本具有不同基因型的概率为61.9%。在高通量实验室中，汇集到384孔板中的qRT-PCR阳性样品可以用标记物组进行筛选，每个样品的成本<1.50英镑。我们的研究结果表明，SNP基因分型面板的有用性，提供了一种快速，成本效益高，可靠的方法来监测SARS-CoV-2变异在疫情中传播。我们的分析管道是公开的，并将允许标记面板定期更新，因为病毒基因型出现或从流通中消失。
Tracking genetic variations from positive SARS-CoV-2 samples yields crucial information about the number of variants circulating in an outbreak and the possible lines of transmission but sequencing every positive SARS-CoV-2 sample would be prohibitively costly for population-scale test and trace operations. Genotyping is a rapid, high-throughput and low-cost alternative for screening positive SARS-CoV-2 samples in many settings. We have designed a SNP identification pipeline to identify genetic variation using sequenced SARS-CoV-2 samples. Our pipeline identifies a minimal marker panel that can define distinct genotypes. To evaluate the system, we developed a genotyping panel to detect variants-identified from SARS-CoV-2 sequences surveyed between March and May 2020 and tested this on 50 stored qRT-PCR positive SARS-CoV-2 clinical samples that had been collected across the South West of the UK in April 2020. The 50 samples split into 15 distinct genotypes and there was a 61.9% probability that any two randomly chosen samples from our set of 50 would have a distinct genotype. In a high throughput laboratory, qRT-PCR positive samples pooled into 384-well plates could be screened with a marker panel at a cost of < £1.50 per sample. Our results demonstrate the usefulness of a SNP genotyping panel to provide a rapid, cost-effective, and reliable way to monitor SARS-CoV-2 variants circulating in an outbreak. Our analysis pipeline is publicly available and will allow for marker panels to be updated periodically as viral genotypes arise or disappear from circulation.
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影响因子：
3.9
作者：
Argimón S;Abudahab K;Goater RJE;Fedosejev A;Bhai J;Glasner C;Feil EJ;Holden MTG;Yeats CA;Grundmann H;Spratt BG;Aanensen DM
通讯作者：
Aanensen DM
影响因子：
9.4
作者：
BOOM, R;SOL, CJA;VANDERNOORDAA, J
通讯作者：
VANDERNOORDAA, J
DOI：
10.1016/s2666-5247(20)30054-9
发表时间：
2020-07-01
期刊：
The Lancet. Microbe
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
5.8
作者：
Hadfield, James;Megill, Colin;Neher, Richard A.
通讯作者：
Neher, Richard A.
影响因子：
4.9
作者：
Elbe, Stefan;Buckland-Merrett, Gemma
通讯作者：
Buckland-Merrett, Gemma