Defining a Cancer Dependency Map.
Defining a Cancer Dependency Map.
复制标题
DOI：
10.1016/j.cell.2017.06.010
复制
发表时间：
2017-07-27
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Hahn WC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Tsherniak A;Vazquez F;Montgomery PG;Weir BA;Kryukov G;Cowley GS;Gill S;Harrington WF;Pantel S;Krill-Burger JM;Meyers RM;Ali L;Goodale A;Lee Y;Jiang G;Hsiao J;Gerath WFJ;Howell S;Merkel E;Ghandi M;Garraway LA;Root DE;Golub TR;Boehm JS;Hahn WC
大多数人类上皮肿瘤存在大量改变，因此很难预测肿瘤存活所需的基因。为了系统地识别癌症依赖性，我们分析了在不同人类癌细胞系中进行的 501 项基因组规模的功能丧失筛查。我们开发了 DEMETER，这是一种分离 RNAi 的脱靶效应的分析框架。这些细胞系的亚群需要 769 个基因，其阈值与平均值相差 6 个标准差。我们通过考虑 66,646 个分子特征的非线性回归模型找到了 426 个依赖性 (55%) 的预测模型。许多依赖性属于有限数量的类别，并且出乎意料的是，在 82% 的模型中，最重要的生物标志物是基于表达的。我们证明了一种将 UBB 泛素基因的高甲基化与 UBC 依赖性联系起来的预测模型背后的基础。总之，这些观察结果为癌症依赖性图提供了基础，有助于确定治疗靶点的优先顺序。
Most human epithelial tumors harbor numerous alterations, making it difficult to predict which genes are required for tumor survival. To systematically identify cancer dependencies, we analyzed 501 genome-scale loss-of-function screens performed in diverse human cancer cell lines. We developed DEMETER, an analytical framework that segregates on-from off-target effects of RNAi. 769 genes were differentially required in subsets of these cell lines at a threshold of six standard deviations from the mean. We found predictive models for 426 dependencies (55%) by nonlinear regression modeling considering 66,646 molecular features. Many dependencies fall into a limited number of classes, and unexpectedly, in 82% of models, the top biomarkers were expression-based. We demonstrated the basis behind one such predictive model linking hypermethylation of the UBB ubiquitin gene to a dependency on UBC. Together, these observations provide a foundation for a cancer dependency map that facilitates the prioritization of therapeutic targets.
登录
查看更多内容
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu164
发表时间：
2014-07-15
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Aksoy BA;Demir E;Babur Ö;Wang W;Jing X;Schultz N;Sander C
通讯作者：
Sander C
影响因子：
64.8
作者：
Liu, Yunhua;Zhang, Xinna;Lu, Xiongbin
通讯作者：
Lu, Xiongbin
DOI：
10.1198/106186006x133933
发表时间：
2006-09-01
影响因子：
2.4
作者：
Hothorn, Torsten;Hornik, Kurt;Zeileis, Achim
通讯作者：
Zeileis, Achim
影响因子：
5.6
作者：
Laury, Anna R.;Perets, Ruth;Hirsch, Michelle S.
通讯作者：
Hirsch, Michelle S.
影响因子：
50.3
作者：
Buchwalter G;Hickey MM;Cromer A;Selfors LM;Gunawardane RN;Frishman J;Jeselsohn R;Lim E;Chi D;Fu X;Schiff R;Brown M;Brugge JS
通讯作者：
Brugge JS