Bioinformatic analysis of the contribution of primer sequences to aptamer structures.
Bioinformatic analysis of the contribution of primer sequences to aptamer structures.
复制标题
DOI：
10.1007/s00239-008-9130-4
复制
发表时间：
2008-07
影响因子：
3.9
通讯作者：
Ellington, Andrew D.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cowperthwaite, Matthew C.;Ellington, Andrew D.
适配子是在体外选择的与特定配体结合的核酸分子。虽然许多实验研究已经检查了单个适配子的序列、结构和功能，但应用生物信息学方法试图从这些单独研究中推断出更普遍的原理的研究相当少。我们使用了一个大型的适配子数据库来分析随机区域和恒定区域对2000多个适配子二级结构的贡献。我们发现，通常情况下，恒定的引物结合区对适体结构没有显著贡献。这些结果表明：(A)结合功能不受恒定区域的贡献或限制；(B)因此，功能结合序列的图谱是稀疏但稳健的，有利于在起始点附近的短功能核酸序列的情况；以及(C)许多用于选择适配子的池设计可能被证明是稳健的。
Aptamers are nucleic acid molecules selected in vitro to bind a particular ligand. While numerous experimental studies have examined the sequences, structures, and functions of individual aptamers, considerably fewer studies have applied bioinformatics approaches to try to infer more general principles from these individual studies. We have used a large Aptamer Database to parse the contributions of both random and constant regions to the secondary structures of more than 2000 aptamers. We find that the constant, primer-binding regions do not, in general, contribute significantly to aptamer structures. These results suggest that (a) binding function is not contributed to nor constrained by constant regions; (b) in consequence, the landscape of functional binding sequences is sparse but robust, favoring scenarios for short, functional nucleic acid sequences near origins; and (c) many pool designs for the selection of aptamers are likely to prove robust.
登录
查看更多内容
影响因子：
4.5
作者：
Huang, Z;Szostak, JW
通讯作者：
Szostak, JW
影响因子：
1.8
作者：
HOFACKER, IL;FONTANA, W;SCHUSTER, P
通讯作者：
SCHUSTER, P
影响因子：
14.9
作者：
Lee, JF;Hesselberth, JR;Ellington, AD
通讯作者：
Ellington, AD
影响因子：
2.9
作者：
MCCASKILL, JS
通讯作者：
MCCASKILL, JS
影响因子：
4.5
作者：
Gevertz, J;Gan, HH;Schilick, T
通讯作者：
Schilick, T