A multi-tissue atlas of regulatory variants in cattle.
A multi-tissue atlas of regulatory variants in cattle.
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DOI：
10.1038/s41588-022-01153-5
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发表时间：
2022-09
期刊：
影响因子：
30.8
通讯作者：
Fang L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu S;Gao Y;Canela-Xandri O;Wang S;Yu Y;Cai W;Li B;Xiang R;Chamberlain AJ;Pairo-Castineira E;D'Mellow K;Rawlik K;Xia C;Yao Y;Navarro P;Rocha D;Li X;Yan Z;Li C;Rosen BD;Van Tassell CP;Vanraden PM;Zhang S;Ma L;Cole JB;Liu GE;Tenesa A;Fang L
研究家畜基因表达的遗传调控变异，对于解释具有经济价值性状的分子机制和通过人工选择提高遗传增益率至关重要。在这里，我们建立了牛基因型-组织表达图谱（CattleGTEx），作为农场动物GTEx （FarmGTEx）项目试点阶段的一部分，该项目基于公开的7180个RNA-Seq样本。我们描述了超过100种组织/细胞类型的转录组学景观，并报告了23种不同组织的数十万种基因表达和选择性剪接的遗传关联。我们评估了这些遗传调控效应的组织共享模式，并使用多组学数据对它们进行了功能注释。最后，我们利用转录组全关联和共定位分析，将不同组织中的基因表达与43个经济上重要的性状联系起来，以解读牛中这些农艺性状的分子调控机制。
Characterization of genetic regulatory variants acting on the livestock gene expression is essential for interpreting the molecular mechanisms underlying traits of economic value and for increasing the rate of genetic gain through artificial selection. Here we build a Cattle Genotype-Tissue Expression atlas (CattleGTEx) as part of the pilot phase of Farm animal GTEx (FarmGTEx) project for the research community based on publicly available 7,180 RNA-Seq samples. We describe the transcriptomic landscape of over 100 tissues/cell types and report hundreds of thousands of genetic associations with gene expression and alternative splicing for 23 distinct tissues. We evaluate the tissue-sharing patterns of these genetic regulatory effects, and functionally annotate them using multi-omics data. Finally, we link gene expression in different tissues to 43 economically important traits using both transcriptome-wide association and colocalization analyses to decipher the molecular regulatory mechanisms underpinning such agronomic traits in cattle.
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