Ensembl Genomes: extending Ensembl across the taxonomic space.
Ensembl Genomes: extending Ensembl across the taxonomic space.
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DOI：
10.1093/nar/gkp871
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发表时间：
2010-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Yates A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kersey PJ;Lawson D;Birney E;Derwent PS;Haimel M;Herrero J;Keenan S;Kerhornou A;Koscielny G;Kähäri A;Kinsella RJ;Kulesha E;Maheswari U;Megy K;Nuhn M;Proctor G;Staines D;Valentin F;Vilella AJ;Yates A
Ensembl基因组（http://www.ensemblgenomes.org）是一个新的门户网站，可从非魔术师的科学兴趣中综合访问基因组规模数据，并使用Ensembl基因组注释和可视化平台开发。 Ensembl基因组由五个亚型（用于细菌，生物，真菌，植物和无脊椎动物后生物）组成，旨在补充Ensembl中脊椎动物基因组的可用性。支持该门户网站的许多数据库都是与科学界密切合作的，我们认为这对于维持资源的准确性和实用性至关重要。为所有域提供了一组通用的用户界面（其中包括图形基因组浏览器，FTP，BLAST搜索，查询优化的数据仓库，程序化访问和PERL API）。包含的数据类型包括（蛋白质和非蛋白质编码）基因的注释，对外部资源的交叉引用以及高吞吐量实验数据（例如，在基因组环境中可视化基因表达和多态性大规模研究的数据）。此外，在定义的进化枝和更广泛的分类法内，都可以通过该站点访问广泛的比较分析，并在整个更广泛的分类法内和更广泛的分类学中进行了序列比对和基因树。
Ensembl Genomes (http://www.ensemblgenomes.org) is a new portal offering integrated access to genome-scale data from non-vertebrate species of scientific interest, developed using the Ensembl genome annotation and visualisation platform. Ensembl Genomes consists of five sub-portals (for bacteria, protists, fungi, plants and invertebrate metazoa) designed to complement the availability of vertebrate genomes in Ensembl. Many of the databases supporting the portal have been built in close collaboration with the scientific community, which we consider as essential for maintaining the accuracy and usefulness of the resource. A common set of user interfaces (which include a graphical genome browser, FTP, BLAST search, a query optimised data warehouse, programmatic access, and a Perl API) is provided for all domains. Data types incorporated include annotation of (protein and non-protein coding) genes, cross references to external resources, and high throughput experimental data (e.g. data from large scale studies of gene expression and polymorphism visualised in their genomic context). Additionally, extensive comparative analysis has been performed, both within defined clades and across the wider taxonomy, and sequence alignments and gene trees resulting from this can be accessed through the site.
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影响因子：
14.9
作者：
UniProt Consortium
通讯作者：
UniProt Consortium
影响因子：
7
作者：
Vilella, Albert J.;Severin, Jessica;Birney, Ewan
通讯作者：
Birney, Ewan
影响因子：
14.9
作者：
Parkinson H;Kapushesky M;Kolesnikov N;Rustici G;Shojatalab M;Abeygunawardena N;Berube H;Dylag M;Emam I;Farne A;Holloway E;Lukk M;Malone J;Mani R;Pilicheva E;Rayner TF;Rezwan F;Sharma A;Williams E;Bradley XZ;Adamusiak T;Brandizi M;Burdett T;Coulson R;Krestyaninova M;Kurnosov P;Maguire E;Neogi SG;Rocca-Serra P;Sansone SA;Sklyar N;Zhao M;Sarkans U;Brazma A
通讯作者：
Brazma A
影响因子：
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作者：
Clark, Richard M.;Schweikert, Gabriele;Weigel, Detlef
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Weigel, Detlef
影响因子：
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作者：
Stein, LD;Mungall, C;Lewis, S
通讯作者：
Lewis, S