High-Spatial-Resolution Multi-Omics Sequencing via Deterministic Barcoding in Tissue.
High-Spatial-Resolution Multi-Omics Sequencing via Deterministic Barcoding in Tissue.
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组织中确定性条形码的高空间分辨率多组学测序。
DOI：
10.1016/j.cell.2020.10.026
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发表时间：
2020-12-10
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Fan R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu Y;Yang M;Deng Y;Su G;Enninful A;Guo CC;Tebaldi T;Zhang D;Kim D;Bai Z;Norris E;Pan A;Li J;Xiao Y;Halene S;Fan R
我们提出了DBiT-用于空间组学测序的组织中确定性条码-用于通过NGS测序在甲醛固定的组织载玻片中共同定位mRNA和蛋白质。使用平行的微流体通道将DNA条形码传送到组织载玻片的表面，并且两组条形码A1-50和B1-50横流，然后在原位结扎产生组织像素的2D马赛克，每个组织像素包含唯一的完整条形码AB。对小鼠胚胎的应用揭示了早期器官发生的主要组织类型，以及大脑中的微血管和眼睛视野中的有色上皮等精细特征。10μm像素的基因表达谱符合单细胞转录本的簇，允许快速识别细胞类型和空间分布。DBiT-seq可以被没有微流体经验的研究人员采用，并可能在一系列领域找到应用，包括发育生物学、癌症生物学、神经科学和临床病理学。DBiT-SEQ是一种基于微流体的方法，将条形码传递到组织载玻片的表面，以允许以10μm像素大小进行空间组学测序。
We present DBiT-seq - Deterministic Barcoding in Tissue for spatial omics sequencing - for co-mapping of mRNAs and proteins in a formaldehyde-fixed tissue slide via NGS sequencing. Parallel microfluidic channels were used to deliver DNA barcodes to the surface of a tissue slide and crossflow of two sets of barcodes A1–50 and B1–50 followed by ligation in situ yielded a 2D mosaic of tissue pixels, each containing a unique full barcode AB. Application to mouse embryos revealed major tissue types in early organogenesis as well as fine features like microvasculature in a brain and pigmented epithelium in an eye field. Gene expression profiles in 10μm pixels conformed into the clusters of single-cell transcriptomes, allowing for rapid identification of cell types and spatial distributions. DBiT-seq can be adopted by researchers with no experience in microfluidics and may find applications in a range of fields including developmental biology, cancer biology, neuroscience, and clinical pathology. DBiT-seq is a microfluidic based method to deliver barcodes to the surface of a tissue slide to allow for spatial omics sequencing with 10μm pixel size.
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影响因子：
64.8
作者：
Cao, Junyue;Spielmann, Malte;Shendure, Jay
通讯作者：
Shendure, Jay
DOI：
10.1126/science.1253462
发表时间：
2014-10-10
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
de Bruin EC;McGranahan N;Mitter R;Salm M;Wedge DC;Yates L;Jamal-Hanjani M;Shafi S;Murugaesu N;Rowan AJ;Grönroos E;Muhammad MA;Horswell S;Gerlinger M;Varela I;Jones D;Marshall J;Voet T;Van Loo P;Rassl DM;Rintoul RC;Janes SM;Lee SM;Forster M;Ahmad T;Lawrence D;Falzon M;Capitanio A;Harkins TT;Lee CC;Tom W;Teefe E;Chen SC;Begum S;Rabinowitz A;Phillimore B;Spencer-Dene B;Stamp G;Szallasi Z;Matthews N;Stewart A;Campbell P;Swanton C
通讯作者：
Swanton C
影响因子：
14.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
14.9
作者：
Chen J;Bardes EE;Aronow BJ;Jegga AG
通讯作者：
Jegga AG
影响因子：
5.8
作者：
Navarro, Jose Fernandez;Sjostrand, Joel;Stahl, Patrik L.
通讯作者：
Stahl, Patrik L.