A zebrafish cell culture assay for the identification of microRNA targets.
A zebrafish cell culture assay for the identification of microRNA targets.
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DOI：
10.1089/zeb.2010.0674
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发表时间：
2010-12
期刊：
影响因子：
2
通讯作者：
Collodi P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Liu W;Guan Y;Collodi P
MicroRNAs(MiRNAs)是在转录后水平调节基因表达的内源性非编码小RNA。研究表明，斑马鱼miRNAs通过与特定靶点相互作用，在胚胎发育、组织命运建立和分化中发挥关键作用，通常位于其3‘非编码区。目的序列的鉴定是阐明miRNA功能的基础。由于生物信息学可以预测每个miRNA的数百个潜在靶点，因此需要对实际靶点进行实验验证。虽然最近的研究使用HEK293细胞系来研究哺乳动物的miRNA靶标，但我们的结果表明该细胞系不适合研究斑马鱼miR-430b miRNA。在这篇文章中，我们描述了一种使用斑马鱼细胞培养和荧光素酶报告结构来评估miR-430b靶点的简便的体外检测系统。基于细胞培养的实验可用于验证其他斑马鱼miRNAs的靶序列。
MicroRNAs (miRNAs) are endogenous small non-coding RNAs that regulate gene expression at the posttranscriptional level. Studies have shown that zebrafish miRNAs play a key role in embryo development, tissue fate establishment and differentiation by interacting with specific targets, usually in the 3’UTR of the mRNA. Identification of the target sequence is fundamental to elucidating miRNA function. Since bioinformatics can predict hundreds of potential targets for each miRNA, experimental validation of the actual target site is required. Although recent studies have employed the HEK293 cell line to investigate mammalian miRNA targets, our results have shown that the cell line is not suitable for studies of zebrafish miR-430b miRNA. In this paper we describe a convenient in vitro assay system that involves the use of zebrafish cell cultures and a luciferase reporter contruct to evaluate miR-430b target sites. The cell culture-based assay could be used to validate target sequences of other zebrafish miRNAs.
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影响因子：
10.5
作者：
Chen, PY;Manninga, H;Tuschl, T
通讯作者：
Tuschl, T
影响因子：
16
作者：
Orom, Ulf Andersson;Nielsen, Finn Cilius;Lund, Anders H.
通讯作者：
Lund, Anders H.
DOI：
10.1016/j.bbrc.2009.02.122
发表时间：
2009-04-17
影响因子：
3.1
作者：
Du, Ting-Ting;Fu, Yan-Fang;Liu, Ting Xi
通讯作者：
Liu, Ting Xi
DOI：
10.1073/pnas.0707594105
发表时间：
2008-02-05
影响因子：
11.1
作者：
Place, Robert F.;Li, Long-Cheng;Dahiya, Rajvir
通讯作者：
Dahiya, Rajvir
影响因子：
56.9
作者：
Giraldez, AJ;Mishima, Y;Schier, AF
通讯作者：
Schier, AF