Computational prediction of broadly neutralizing HIV-1 antibody epitopes from neutralization activity data.
Computational prediction of broadly neutralizing HIV-1 antibody epitopes from neutralization activity data.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0080562
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发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Chakraborty AK
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ferguson AL;Falkowska E;Walker LM;Seaman MS;Burton DR;Chakraborty AK
广泛中和的单克隆抗体对大多数HIV-1循环分离株有效，已从少数感染者中分离出来。确定这些抗体结合的HIV尖峰上的构象表位对于确定疫苗和药物设计的靶标具有重要价值。利用压缩感知和信息论的技术，我们开发了一种计算方法，从跨枝中和活性数据中预测构成病毒刺突构象表位的关键残基。我们的方法不需要获得抗体或抗原的结构信息。十种广泛中和的HIV-1抗体的构象表位的预测显示与新的和现有的实验数据很好地一致。我们的研究结果表明，我们的方法提供了一种加速多种病原抗原表位鉴定的方法。
Broadly neutralizing monoclonal antibodies effective against the majority of circulating isolates of HIV-1 have been isolated from a small number of infected individuals. Definition of the conformational epitopes on the HIV spike to which these antibodies bind is of great value in defining targets for vaccine and drug design. Drawing on techniques from compressed sensing and information theory, we developed a computational methodology to predict key residues constituting the conformational epitopes on the viral spike from cross-clade neutralization activity data. Our approach does not require the availability of structural information for either the antibody or antigen. Predictions of the conformational epitopes of ten broadly neutralizing HIV-1 antibodies are shown to be in good agreement with new and existing experimental data. Our findings suggest that our approach offers a means to accelerate epitope identification for diverse pathogenic antigens.
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影响因子：
5.4
作者：
Hessell, Ann J.;Rakasz, Eva G.;Burton, Dennis R.
通讯作者：
Burton, Dennis R.
影响因子：
5.8
作者：
Dunn, S. D.;Wahl, L. M.;Gloor, G. B.
通讯作者：
Gloor, G. B.
影响因子：
30.3
作者：
Burton DR;Ahmed R;Barouch DH;Butera ST;Crotty S;Godzik A;Kaufmann DE;McElrath MJ;Nussenzweig MC;Pulendran B;Scanlan CN;Schief WR;Silvestri G;Streeck H;Walker BD;Walker LM;Ward AB;Wilson IA;Wyatt R
通讯作者：
Wyatt R
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
5.5
作者：
Bhasin, M;Raghava, GPS
通讯作者：
Raghava, GPS