A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Aging Drosophila Brain.
A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Aging Drosophila Brain.
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DOI：
10.1016/j.cell.2018.05.057
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发表时间：
2018-08-09
期刊：
影响因子：
64.5
通讯作者：
Aerts S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Davie K;Janssens J;Koldere D;De Waegeneer M;Pech U;Kreft Ł;Aibar S;Makhzami S;Christiaens V;Bravo González-Blas C;Poovathingal S;Hulselmans G;Spanier KI;Moerman T;Vanspauwen B;Geurs S;Voet T;Lammertyn J;Thienpont B;Liu S;Konstantinides N;Fiers M;Verstreken P;Aerts S
大脑中细胞类型和调控状态的多样性，以及它们在衰老过程中如何变化，在很大程度上仍然未知。我们展示了整个成年黑腹果蝇大脑在其生命周期中取样的单细胞转录组图谱。细胞聚类确定了87个初始细胞簇，这些细胞簇进一步细分，并通过靶向细胞分选得到验证。我们的数据显示出高分辨率，并识别出多种细胞类型。使用SCENIC进行的基因网络分析揭示了与能量消耗相关的调控异质性。在衰老过程中，RNA含量呈指数下降，但不影响老年大脑中的神经元特性。这个单细胞大脑图谱涵盖了正常大脑中几乎所有的细胞，并在我们独特的单细胞分析平台SCope（http://scope.aertslab.org）中提供了与其他果蝇和哺乳动物单细胞数据集一起研究细胞多样性的工具。这些结果，连同SCope，允许对整个衰老大脑的所有转录状态进行全面探索。
衰老过程中成年果蝇大脑的单细胞图谱
网络推断揭示了与氧化磷酸化相关的调控状态
尽管基因表达呈指数下降，但在衰老过程中细胞特性得以保留
SCope：一个跨物种探索和比较单细胞数据集的在线工具
成年果蝇大脑的单细胞图谱确定了神经元和神经胶质细胞类型的集合以及它们在衰老过程中的动态变化
The diversity of cell types and regulatory states in the brain, and how these change during aging, remains largely unknown. We present a single-cell transcriptome atlas of the entire adult Drosophila melanogaster brain sampled across its lifespan. Cell clustering identified 87 initial cell clusters that are further subclustered and validated by targeted cell-sorting. Our data show high granularity and identify a wide range of cell types. Gene network analyses using SCENIC revealed regulatory heterogeneity linked to energy consumption. During aging, RNA content declines exponentially without affecting neuronal identity in old brains. This single-cell brain atlas covers nearly all cells in the normal brain and provides the tools to study cellular diversity alongside other Drosophila and mammalian single-cell datasets in our unique single-cell analysis platform: SCope (http://scope.aertslab.org). These results, together with SCope, allow comprehensive exploration of all transcriptional states of an entire aging brain. A single-cell atlas of the adult fly brain during aging Network inference reveals regulatory states related to oxidative phosphorylation Cell identity is retained during aging despite exponential decline of gene expression SCope: An online tool to explore and compare single-cell datasets across species A single-cell atlas of adult fly brains identifies the ensemble of neuronal and glial cell types and their dynamic changes during aging.
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