An empirical framework for binary interactome mapping.
An empirical framework for binary interactome mapping.
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DOI：
10.1038/nmeth.1280
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发表时间：
2009-01
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Vidal, Marc
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Venkatesan, Kavitha;Rual, Jean-Francois;Vazquez, Alexei;Stelzl, Ulrich;Lemmens, Irma;Hirozane-Kishikawa, Tomoko;Hao, Tong;Zenkner, Martina;Xin, Xiaofeng;Goh, Kwang-Il;Yildirim, Muhammed A.;Simonis, Nicolas;Heinzmann, Kathrin;Gebreab, Fana;Sahalie, Julie M.;Cevik, Sebiha;Simon, Christophe;de Smet, Anne-Sophie;Dann, Elizabeth;Smolyar, Alex;Vinayagam, Arunachalam;Yu, Haiyuan;Szeto, David;Borick, Heather;Dricot, Amelie;Klitgord, Niels;Murray, Ryan R.;Lin, Chenwei;Lalowski, Maciej;Timm, Jan;Rau, Kirstin;Boone, Charles;Braun, Pascal;Cusick, Michael E.;Roth, Frederick P.;Hill, David E.;Tavernier, Jan;Wanker, Erich E.;Barabasi, Albert-Laszlo;Vidal, Marc
在系统地绘制蛋白质-蛋白质相互作用或“相互作用组”网络方面已经进行了几次尝试。然而，仍然难以评估现有数据集的质量和覆盖面。我们描述了一个框架，它使用了一个基于语义的方法来严格剖析目前可用的人类相互作用图的质量参数。我们的研究结果表明，高通量酵母双杂交（HT-Y2 H）相互作用的人类是上级的精度，只有一个单一的出版物支持的文献策划的相互作用，这表明HT-Y2 H是适合映射的显着部分的人类相互作用。我们估计，人类相互作用组包含约130，000个二元相互作用，其中大部分仍有待绘制。与人类基因组计划早期对DNA序列数据质量和基因组大小的估计类似，对蛋白质相互作用数据质量和相互作用组大小的估计对于建立全面的人类相互作用组作图任务的重要性以及阐明实现这一目标的途径至关重要。
Several attempts have been made at systematically mapping protein-protein interaction, or “interactome” networks. However, it remains difficult to assess the quality and coverage of existing datasets. We describe a framework that uses an empirically-based approach to rigorously dissect quality parameters of currently available human interactome maps. Our results indicate that high-throughput yeast two-hybrid (HT-Y2H) interactions for human are superior in precision to literature-curated interactions supported by only a single publication, suggesting that HT-Y2H is suitable to map a significant portion of the human interactome. We estimate that the human interactome contains ~130,000 binary interactions, most of which remain to be mapped. Similar to estimates of DNA sequence data quality and genome size early in the human genome project, estimates of protein interaction data quality and interactome size are critical to establish the magnitude of the task of comprehensive human interactome mapping and to illuminate a path towards this goal.
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