FIREcaller: Detecting frequently interacting regions from Hi-C data.
FIREcaller: Detecting frequently interacting regions from Hi-C data.
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DOI：
10.1016/j.csbj.2020.12.026
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发表时间：
2021
影响因子：
6
通讯作者：
Li Y
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Crowley C;Yang Y;Qiu Y;Hu B;Abnousi A;Lipiński J;Plewczyński D;Wu D;Won H;Ren B;Hu M;Li Y
频繁相互作用区域 (FIRE) 可用于识别组织和细胞类型特异性顺式调控区域。我们的 FIREcaller R 包可识别 FIRE 和 superFIRE（即集群 FIRE）。 FIREcaller 还可以检测差异 FIRE。 Hi-C 实验已被广泛用于研究染色质空间组织，这在基因组功能中发挥着重要作用。我们最近发现了频繁相互作用区域（FIRE），并发现它们与细胞类型特异性基因调控密切相关。然而，仍然缺乏从 Hi-C 数据中检测 FIRE 的计算工具。在这项工作中，我们提出了 FIREcaller，这是一个独立的、用户友好的 R 包，用于从 Hi-C 数据中检测 FIRE。 FIREcaller 以原始 Hi-C 接触矩阵作为输入，执行样本内和样本间归一化，并输出连续 FIRE 分数、二分 FIRE 和超级 FIRE。将FIREcaller应用于来自各种人体组织的Hi-C数据，我们证明以组织特异性方式鉴定的FIRE和超级FIRE与基因调控密切相关，增强子-启动子（E-P）相互作用丰富，往往与表现出顺式调控作用的表观基因组特征的区域重叠，并有助于解释或GWAS变异。 FIREcaller 包在 R 中实现，可在 https://yunliweb.its.unc.edu/FIREcaller 上免费获取。
Frequently Interacting Regions (FIREs) can be used to identify tissue and cell-type- specific cis-regulatory regions. Our FIREcaller R package identifies FIREs and superFIREs (i.e., clustered FIREs). FIREcaller also detects differential FIREs. Hi-C experiments have been widely adopted to study chromatin spatial organization, which plays an essential role in genome function. We have recently identified frequently interacting regions (FIREs) and found that they are closely associated with cell-type-specific gene regulation. However, computational tools for detecting FIREs from Hi-C data are still lacking. In this work, we present FIREcaller, a stand-alone, user-friendly R package for detecting FIREs from Hi-C data. FIREcaller takes raw Hi-C contact matrices as input, performs within-sample and cross-sample normalization, and outputs continuous FIRE scores, dichotomous FIREs, and super-FIREs. Applying FIREcaller to Hi-C data from various human tissues, we demonstrate that FIREs and super-FIREs identified, in a tissue-specific manner, are closely related to gene regulation, are enriched for enhancer-promoter (E-P) interactions, tend to overlap with regions exhibiting epigenomic signatures of cis-regulatory roles, and aid the interpretation or GWAS variants. The FIREcaller package is implemented in R and freely available at https://yunliweb.its.unc.edu/FIREcaller.
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影响因子：
64.8
作者：
Jin, Fulai;Li, Yan;Dixon, Jesse R.;Selvaraj, Siddarth;Ye, Zhen;Lee, Ah Young;Yen, Chia-An;Schmitt, Anthony D.;Espinoza, Celso A.;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing
DOI：
10.1038/nrg3454
发表时间：
2013-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
56.9
作者：
Li, Mingfeng;Santpere, Gabriel;Sanders, Stephan
通讯作者：
Sanders, Stephan
DOI：
10.1038/nrm.2016.104
发表时间：
2016-12
期刊：
Nature reviews. Molecular cell biology
影响因子：
--
作者：
Schmitt AD;Hu M;Ren B
通讯作者：
Ren B
DOI：
10.1038/nrg.2016.161
发表时间：
2016-12-13
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
Burgess, Darren J
通讯作者：
Burgess, Darren J