Using the Ribodeblur pipeline to recover A-sites from yeast ribosome profiling data.
Using the Ribodeblur pipeline to recover A-sites from yeast ribosome profiling data.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2018.01.002
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发表时间：
2018-03-15
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
McManus CJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wang H;Kingsford C;McManus CJ
核糖体分析已经成为研究mRNA翻译的一种强有力的技术。核糖体分析具有确定mRNA基因组范围内核糖体的相对数量和位置的潜力。充分利用这种方法需要精确测量核糖体位置。然而，实验的不一致性往往掩盖了核糖体分析数据中编码的位置信息。在这里，我们描述了Ribodeblur管道，这是一种计算分析工具，它使用最大似然框架从异构数据集推断核糖体位置。Ribodeblur安装简单，可以在普通的现代Mac或Linux笔记本电脑上运行。我们详细介绍了将管道应用于酵母中高覆盖率核糖体分析数据的过程，并讨论了潜在扩展到其他生物的重要考虑因素。
Ribosome profiling has emerged as a powerful technique to study mRNA translation. Ribosome profiling has the potential to determine the relative quantities and locations of ribosomes on mRNA genome wide. Taking full advantage of this approach requires accurate measurement of ribosome locations. However, experimental inconsistencies often obscure the positional information encoded in ribosome profiling data. Here, we describe the Ribodeblur pipeline, a computational analysis tool that uses a maximum likelihood framework to infer ribosome positions from heterogeneous datasets. Ribodeblur is simple to install, and can be run on an average modern Mac or Linux-based laptop. We detail the process of applying the pipeline to high-coverage ribosome profiling data in yeast, and discuss important considerations for potential extension to other organisms.
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影响因子：
--
作者：
Wang H;McManus J;Kingsford C
通讯作者：
Kingsford C