Evaluation of the utility of neutral-loss-dependent MS3 strategies in large-scale phosphorylation analysis.
Evaluation of the utility of neutral-loss-dependent MS3 strategies in large-scale phosphorylation analysis.
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DOI：
10.1002/pmic.200800283
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发表时间：
2008-11
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
Gygi, Steven P.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Villen, Judit;Beausoleil, Sean A.;Gygi, Steven P.
磷酸肽的鉴定和位点的确定是生物医学质谱的主要挑战，两者都受到离子阱CID片段谱中磷酸的频繁和压倒性损失的影响。这些损失被认为转化为序列信息离子强度的降低和MS/MS光谱质量的普遍下降。为了解决这个问题，已经提出了几种方法，这些方法依赖于扩展的碎片化方案，包括从含中性损失离子中收集MS3扫描和多级活化来进一步破碎这些相同的离子。在这里，我们评估了这些方法在大规模磷酸肽分析策略的背景下的效用，当前的仪器能够准确地测定前体质量。值得注意的是，我们发现基于ms3的方案并没有增加确定肽的总数，并且在位点定位方面只有有限的价值。我们的结论是，当使用高质量精度的仪器时，在大规模蛋白质组学研究中收集MS3或伪MS3扫描是不值得的。
Phosphopeptide identification and site determination are major challenges in biomedical MS. Both are affected by frequent and often overwhelming losses of phosphoric acid in ion trap CID fragmentation spectra. These losses are thought to translate into reduced intensities of sequence informative ions and a general decline in the quality of MS/MS spectra. To address this issue, several methods have been proposed, which rely on extended fragmentation schemes including collecting MS3 scans from neutral loss-containing ions and multi-stage activation to further fragment these same ions. Here, we have evaluated the utility of these methods in the context of a large-scale phosphopeptide analysis strategy with current instrumentation capable of accurate precursor mass determination. Remarkably, we found that MS3-based schemes did not increase the overall number of confidently identified peptides and had only limited value in site localization. We conclude that the collection of MS3 or pseudo-MS3 scans in large-scale proteomics studies is not worthwhile when high-mass accuracy instrumentation is used.
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DOI：
10.1016/s1044-0305(02)00384-7
发表时间：
2002-06-01
影响因子：
3.2
作者：
Schwartz, JC;Senko, MW;Syka, JEP
通讯作者：
Syka, JEP
DOI：
10.1073/pnas.0607084104
发表时间：
2007-02-13
影响因子：
11.1
作者：
Chi, An;Huttenhower, Curtis;Hunt, Donald F.
通讯作者：
Hunt, Donald F.
影响因子：
4.3
作者：
Bakalarski, Corey E.;Haas, Wilhelm;Gygi, Steven P.
通讯作者：
Gygi, Steven P.
影响因子：
4.4
作者：
Yu, Li-Rong;Zhu, Zhongyu;Veenstra, Timothy D.
通讯作者：
Veenstra, Timothy D.
DOI：
10.1073/pnas.0405549101
发表时间：
2004-09-14
影响因子：
11.1
作者：
Olsen, JV;Mann, M
通讯作者：
Mann, M