Identification of differentially expressed genes during development of the zebrafish pineal complex using RNA sequencing.
Identification of differentially expressed genes during development of the zebrafish pineal complex using RNA sequencing.
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DOI：
10.1016/j.ydbio.2014.08.015
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发表时间：
2014-11-01
影响因子：
2.7
通讯作者：
Gamse, Joshua T.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khuansuwan, Sataree;Gamse, Joshua T.
关键词：
我们描述了一种从活斑马鱼（Danio rerio）胚胎中分离的少量荧光标记细胞中分离适合高通量RNA测序（RNA-seq）的RNA的方法，而无需使用昂贵的市售色谱柱。这种方法保证了细胞分离和悬浮后的高细胞活力，并提供了非常高的完整RNA产量。我们通过在受精后24小时从野生型和tbx2b敲低胚胎的荧光活化细胞分选（FAC分选）松果体复合体神经元中分离RNA，证明了我们的新方案的实用性。Tbx2b是松果体复合体形成所需的转录因子。我们描述了一种生物信息学管道，用于分析高通量测序后的差异表达，并使用差异表达转录物的原位杂交证明了我们结果的有效性。该协议将现代转录组分析带到斑马鱼小细胞群的研究中。
We describe a method for isolating RNA suitable for high-throughput RNA sequencing (RNA-seq) from small numbers of fluorescently labeled cells isolated from live zebrafish (Danio rerio) embryos without using costly, commercially available columns. This method ensures high cell viability after dissociation and suspension of cells and gives a very high yield of intact RNA. We demonstrate the utility of our new protocol by isolating RNA from fluorescence activated cell sorted (FAC sorted) pineal complex neurons in wild-type and tbx2b knockdown embryos at 24 hours post fertilization. Tbx2b is a transcription factor required for pineal complex formation. We describe a bioinformatics pipeline used to analyze differential expression following high-throughput sequencing and demonstrate the validity of our results using in situ hybridization of differentially expressed transcripts. This protocol brings modern transcriptome analysis to the study of small cell populations in zebrafish.
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作者：
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通讯作者：
Varga M
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通讯作者：
Blader, Patrick
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通讯作者：
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通讯作者：
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Fleisch, Valerie C.;Schonthaler, Helia B.;Neuhauss, Stephan C. F.
通讯作者：
Neuhauss, Stephan C. F.