Circleator: flexible circular visualization of genome-associated data with BioPerl and SVG.
Circleator: flexible circular visualization of genome-associated data with BioPerl and SVG.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btu505
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发表时间：
2014-11-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
White O
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Crabtree J;Agrawal S;Mahurkar A;Myers GS;Rasko DA;White O
摘要： Circleator 是一个 Perl 应用程序，可生成基因组相关数据的圆形图形。它利用 BioPerl 支持标准注释和序列文件格式，并生成出版质量的 SVG 输出。它的设计既灵活又易于使用。它包括圆形轨道类型库和常见用例的预定义配置文件，包括。 (i) 可视化 GenBank 平面文件中的基因注释和 DNA 序列数据，(ii) 显示相关微生物菌株中的基因保守模式，(iii) 显示相对于参考基因组和基因集的单核苷酸多态性 (SNP) 和插入缺失，以及 (iv) 查看 RNA-Seq 图。可用性和实施：Circator 可根据 Artistic License 2.0 从 http://jonathancrabtree.github.io/Circleator/ 免费获取，并与 CloVR 基于云的序列分析虚拟机 (VM) 集成，该虚拟机可从 http://clovr.org 下载或在 Amazon EC2 上运行。联系方式：jcrabtree@som.umaryland.edu 补充信息：补充数据可在生物信息学在线获取。
Summary: Circleator is a Perl application that generates circular figures of genome-associated data. It leverages BioPerl to support standard annotation and sequence file formats and produces publication-quality SVG output. It is designed to be both flexible and easy to use. It includes a library of circular track types and predefined configuration files for common use-cases, including. (i) visualizing gene annotation and DNA sequence data from a GenBank flat file, (ii) displaying patterns of gene conservation in related microbial strains, (iii) showing Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) and indels relative to a reference genome and gene set and (iv) viewing RNA-Seq plots. Availability and implementation: Circleator is freely available under the Artistic License 2.0 from http://jonathancrabtree.github.io/Circleator/ and is integrated with the CloVR cloud-based sequence analysis Virtual Machine (VM), which can be downloaded from http://clovr.org or run on Amazon EC2. Contact: jcrabtree@som.umaryland.edu Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics online.
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