CaSNP: a database for interrogating copy number alterations of cancer genome from SNP array data.
CaSNP: a database for interrogating copy number alterations of cancer genome from SNP array data.
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DOI：
10.1093/nar/gkq997
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Liu XS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cao Q;Zhou M;Wang X;Meyer CA;Zhang Y;Chen Z;Li C;Liu XS
已知癌症具有丰富的拷贝数改变（CNA），其极大地促进其发病机制和进展。对CNA区域的研究可能有助于识别癌基因和肿瘤抑制基因，并推断癌症机制。虽然单核苷酸多态性（SNP）阵列已经加强了我们的能力，以前所未有的分辨率来识别CNA，从SNP阵列数据的CNA信息的全面收集仍然缺乏。我们开发了一个基于网络的CaSNP（http：//cistrome.dfci.harvard.edu/CaSNP/）数据库，用于存储和查询定量CNA数据，该数据库在104项研究中管理了34种不同癌症类型的11500个SNP阵列。通过用户输入感兴趣的区域或基因，CaSNP将返回CNA信息，总结每个研究的增益/损失频率和平均拷贝数，并提供下载数据或在UCSC基因组浏览器中可视化数据的链接。CaSNP还显示了热图，该热图显示了在所有研究中在查询区域周围的每个SNP标记处估计的拷贝数，以实现更全面的可视化。最后，我们使用CaSNP研究了所有癌症SNP阵列中蛋白质编码基因以及LincRNA基因的CNA，并发现了含有新癌基因和肿瘤抑制基因的推定区域。总之，CaSNP是癌症CNA关联研究的有用工具，具有促进癌症基础科学和转化研究的潜力。
Cancer is known to have abundant copy number alterations (CNAs) that greatly contribute to its pathogenesis and progression. Investigation of CNA regions could potentially help identify oncogenes and tumor suppressor genes and infer cancer mechanisms. Although single-nucleotide polymorphism (SNP) arrays have strengthened our ability to identify CNAs with unprecedented resolution, a comprehensive collection of CNA information from SNP array data is still lacking. We developed a web-based CaSNP (http://cistrome.dfci.harvard.edu/CaSNP/) database for storing and interrogating quantitative CNA data, which curated ∼11 500 SNP arrays on 34 different cancer types in 104 studies. With a user input of region or gene of interest, CaSNP will return the CNA information summarizing the frequencies of gain/loss and averaged copy number for each study, and provide links to download the data or visualize it in UCSC Genome Browser. CaSNP also displays the heatmap showing copy numbers estimated at each SNP marker around the query region across all studies for a more comprehensive visualization. Finally, we used CaSNP to study the CNA of protein-coding genes as well as LincRNA genes across all cancer SNP arrays, and found putative regions harboring novel oncogenes and tumor suppressors. In summary, CaSNP is a useful tool for cancer CNA association studies, with the potential to facilitate both basic science and translational research on cancer.
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DOI：
10.1073/pnas.011404098
发表时间：
2001-01-02
影响因子：
11.1
作者：
Li, C;Wong, WH
通讯作者：
Wong, WH
影响因子：
64.5
作者：
Huarte M;Guttman M;Feldser D;Garber M;Koziol MJ;Kenzelmann-Broz D;Khalil AM;Zuk O;Amit I;Rabani M;Attardi LD;Regev A;Lander ES;Jacks T;Rinn JL
通讯作者：
Rinn JL
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.0710052104
发表时间：
2007-12-11
影响因子：
11.1
作者：
Beroukhim, Rameen;Getz, Gad;Sellers, William R.
通讯作者：
Sellers, William R.
影响因子：
3.7
作者：
Knutsen, T;Gobu, V;Ried, T
通讯作者：
Ried, T