Characterization of the complete plastid genome of a Chinese endemic species Carya kweichowensis.
Characterization of the complete plastid genome of a Chinese endemic species Carya kweichowensis.
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中国特有种贵州山核桃完整质体基因组的表征
DOI：
10.1080/23802359.2018.1464414
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发表时间：
2018-04-23
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Gao L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ye L;Fu C;Wang Y;Liu J;Gao L
摘要贵州山核桃是核桃科重要的经济树种，是贵州省特有的极度濒危树种，中国。采用基因组略读的方法，根据光肩星天牛(Illumina)的双端测序数据，组装和分析了贵州锦鸡儿的叶绿体基因组。叶绿体基因组全长175,313 ，GC含量35.8%。它是一个典型的四分体结构，包含一个89,858 的大单复制区和一个3569 的小的单复制区，中间隔着一对40,943 的极其广泛的反向重复序列。共注释了142个基因，包括94个蛋白质编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。利用叶绿体基因组的最大似然(ML)系统发育树分析表明，贵州南瓜与中国南果相近。新鉴定的贵州锦鸡儿叶绿体全基因组将为进一步研究这一濒危物种提供必要的数据。
Abstract Carya kweichowensis is an importantly economic tree species in Juglandaceae, which is critically endangered and endemic to Guizhou, China. The plastid genome of C. kweichowensis was assembled and characterized based on Illumina pair-end sequencing data using genome skimming approach. The complete plastid genome is 175,313 bp in length, with a GC content of 35.8%. It is a typical quadripartite structure, containing a large single copy (LSC) region of 89,858 bp and a small single copy (SSC) region of 3569 bp separated by a pair of extremely extensive inverted repeats (IRs) of 40,943 bp. A total of 142 genes were annotated, including 94 protein-coding genes, 40 tRNA genes, and eight rRNA genes. A maximum likelihood (ML) phylogenetic tree on plastid genomes revealed that C. kweichowensis is close to Annamocarya sinensis. The newly characterized complete plastid genome of C. kweichowensis will provide essential data for further studies of this endangered species.
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影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
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作者：
Bankevich, Anton;Nurk, Sergey;Pevzner, Pavel A.
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Pevzner, Pavel A.
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--
作者：
Qin, Haining;Yang, Yong;Xue, Naxin
通讯作者：
Xue, Naxin
DOI：
10.1093/bioinformatics/btu033
发表时间：
2014-05-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Stamatakis A
通讯作者：
Stamatakis A