Genome-wide transcription factor binding: beyond direct target regulation.
Genome-wide transcription factor binding: beyond direct target regulation.
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DOI：
10.1016/j.tig.2011.01.001
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发表时间：
2011-04
影响因子：
11.4
通讯作者：
Tapscott, Stephen J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
MacQuarrie, Kyle L.;Fong, Abraham P.;Morse, Randall H.;Tapscott, Stephen J.
转录因子与特定DNA靶序列的结合是基因调控网络的基础。染色质免疫沉淀结合DNA平铺阵列或高通量测序-chip -chip和chip -seq已经产生了许多最近的研究，详细介绍了各种转录因子的结合位点。令人惊讶的是，来自各种模式生物和组织的数据表明，转录因子在基因组结合位点的数量上变化很大，并且结合事件可以显著超过已知或可能的直接基因靶点的数量。因此，我们目前对转录因子功能的理解必须扩大，以涵盖在直接转录靶调控之外可能发挥的作用（如果有的话）。在这里，我们讨论了转录因子全基因组结合的生物学意义，并提出了可以解释这一现象的模型。
The binding of transcription factors to specific DNA target sequences is the fundamental basis of gene regulatory networks. Chromatin immunoprecipitation combined with DNA tiling arrays or high-throughput sequencing—ChIP-chip and ChIP-seq—has produced many recent studies that detail the binding sites of various transcription factors. Surprisingly, data from a variety of model organisms and tissues have demonstrated that transcription factors vary greatly in their number of genomic binding sites, and that binding events can significantly exceed the number of known or possible direct gene targets. Thus, our current understanding of transcription factor function must expand to encompass what role, if any, binding might play outside of direct transcriptional target regulation. Here, we discuss the biological significance of genome-wide binding of transcription factors and present models that can account for this phenomenon.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.5
作者：
Cunha PM;Sandmann T;Gustafson EH;Ciglar L;Eichenlaub MP;Furlong EE
通讯作者：
Furlong EE
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作者：
Badis, Gwenael;Chan, Esther T.;van Bakel, Harm;Pena-Castillo, Lourdes;Tillo, Desiree;Tsui, Kyle;Carlson, Clayton D.;Gossett, Andrea J.;Hasinoff, Michael J.;Warren, Christopher L.;Gebbia, Marinella;Talukder, Shaheynoor;Yang, Ally;Mnaimneh, Sanie;Terterov, Dimitri;Coburn, David;Yeo, Ai Li;Yeo, Zhen Xuan;Clarke, Neil D.;Lieb, Jason D.;Ansari, Aseem Z.;Nislow, Corey;Hughes, Timothy R.
通讯作者：
Hughes, Timothy R.
影响因子：
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作者：
Cui JY;Gunewardena SS;Rockwell CE;Klaassen CD
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Klaassen CD
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作者：
Kim, Tae Hoon;Abdullaev, Ziedulla K.;Ren, Bing
通讯作者：
Ren, Bing