Structural insights into the interaction of blood coagulation co-factor VIIIa with factor IXa: a computational protein-protein docking and molecular dynamics refinement study.
Structural insights into the interaction of blood coagulation co-factor VIIIa with factor IXa: a computational protein-protein docking and molecular dynamics refinement study.
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DOI：
10.1016/j.bbrc.2014.08.078
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发表时间：
2014-09-26
影响因子：
3.1
通讯作者：
Venkateswarlu, Divi
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Venkateswarlu, Divi
凝血因子X （FX）酶原活化因子IXa （FIXa）酶在凝血级联中期起关键作用。活化过程是催化惰性的，需要FIXa结合并与辅因子VIIIa （FVIIIa）形成复合物。为了了解FVIIIa:FIXa复合物的结构细节，我们采用知识驱动的蛋白-蛋白对接和水相MD细化方法，在FVIIIa和FIXa之间建立了一个稳定的结构复合物。该模型表明，FIXa的所有四个结构域都包裹在跨越A2， A3和C1结构域的辅因子结合表面的fviia上。fviii - ia a2结构域558螺旋周围的区域预计是与FIXa丝氨酸蛋白酶结构域Lys293-Lys301和Asp332-Arg338残基螺旋段相互作用的关键位点。预测FIXa的GLA和EGF1结构域之间的疏水螺旋层是FIXa与fviia的A3-C2结构域界面的主要相互作用区域。
Coagulation factor X (FX) zymogen activation by factor IXa (FIXa) enzyme plays a critical role in the middle-phase of coagulation cascade. The activation process is catalytically inert and requires FIXa binding and complex formation with co-factor VIIIa (FVIIIa). In order to understand the structural details of the FVIIIa:FIXa complex, we employed knowledge-driven protein-protein docking and aqueous-phase MD refinement methods to develop a stable structural complex between FVIIIa and FIXa. The model shows that all four domains of FIXa wrap across FVIIIa that spans the co-factor binding surface of A2, A3 and C1 domains. The region surrounding the 558-helix of the A2-domain of FVIIIa is predicted to be the key interaction site with the helical segments of Lys293-Lys301 and Asp332-Arg338 residues of the serine-protease domain of FIXa. The hydrophobic helical stack between the GLA and EGF1 domains of FIXa is predicted to be primary interacting region with the A3-C2 domain interface of FVIIIa.
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