DIALIGN at GOBICS--multiple sequence alignment using various sources of external information.
DIALIGN at GOBICS--multiple sequence alignment using various sources of external information.
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DOI：
10.1093/nar/gkt283
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发表时间：
2013-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Morgenstern B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Al Ait L;Yamak Z;Morgenstern B
DIALIGN是一种成熟的多序列比对工具，对于检测总体相似性较低的序列中的局部同源性特别有用。近年来，该程序的各种版本已经开发出来，其中一些是完全自动化的，而另一些则能够接受用户指定的外部信息。在这篇文章中，我们回顾了该程序的一些版本，可通过‘Göttingen生物信息学计算服务器’获得。除了前面描述的实现之外，我们还提出了一个新的DIALIGN版本，称为“DIALIGN-PFAM”，它使用对PFAM数据库的命中来改进蛋白质比对。我们的软件可通过http://dialign.gobics.de/.获得
DIALIGN is an established tool for multiple sequence alignment that is particularly useful to detect local homologies in sequences with low overall similarity. In recent years, various versions of the program have been developed, some of which are fully automated, whereas others are able to accept user-specified external information. In this article, we review some versions of the program that are available through ‘Göttingen Bioinformatics Compute Server’. In addition to previously described implementations, we present a new release of DIALIGN called ‘DIALIGN-PFAM’, which uses hits to the PFAM database for improved protein alignment. Our software is available through http://dialign.gobics.de/.
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