The Universal Protein Resource (UniProt): an expanding universe of protein information.
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DOI：
10.1093/nar/gkj161
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发表时间：
2006-01-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Suzek B
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wu CH;Apweiler R;Bairoch A;Natale DA;Barker WC;Boeckmann B;Ferro S;Gasteiger E;Huang H;Lopez R;Magrane M;Martin MJ;Mazumder R;O'Donovan C;Redaschi N;Suzek B
通用蛋白质资源（UNIPROT）提供了三个数据库组件的蛋白质序列和功能注释的中心资源，每个数据库组件都满足了蛋白质生物信息学的关键需求。 Uniprot知识库（UniprotkB），包括手动注释的UniprotkB/Swiss-Prot部分和自动注释的UniprotkB/Trembl部分，是蛋白质注释的杰出仓库。广泛的交叉引用，功能和特征注释以及基于文献的证据归因使科学家能够分析跨数据库的蛋白质和查询。通过合并100％（UNIREF100），90％（UNIREF90）或50％（UNIREF50）相同的序列，通过序列空间压缩进行了UNIPROT参考群集（UNIREF）速度相似性搜索。最后，UniProt存档（UNIPARC）存储了所有公开可用的蛋白质序列，其中包含序列数据的历史记录，并链接到源数据库。 Uniprot数据库的大小和信息可用性继续增长。描述了数据库内容，格式，受控词汇和服务的最新和即将进行的更改。新的下载可用性包括Uniprotkb的所有主要版本，分类部门的序列集和完整的蛋白质组。已经添加了参考书目映射服务，并将很快提供ID映射服务。可以在线或下载Uniprot数据库。
The Universal Protein Resource (UniProt) provides a central resource on protein sequences and functional annotation with three database components, each addressing a key need in protein bioinformatics. The UniProt Knowledgebase (UniProtKB), comprising the manually annotated UniProtKB/Swiss-Prot section and the automatically annotated UniProtKB/TrEMBL section, is the preeminent storehouse of protein annotation. The extensive cross-references, functional and feature annotations and literature-based evidence attribution enable scientists to analyse proteins and query across databases. The UniProt Reference Clusters (UniRef) speed similarity searches via sequence space compression by merging sequences that are 100% (UniRef100), 90% (UniRef90) or 50% (UniRef50) identical. Finally, the UniProt Archive (UniParc) stores all publicly available protein sequences, containing the history of sequence data with links to the source databases. UniProt databases continue to grow in size and in availability of information. Recent and upcoming changes to database contents, formats, controlled vocabularies and services are described. New download availability includes all major releases of UniProtKB, sequence collections by taxonomic division and complete proteomes. A bibliography mapping service has been added, and an ID mapping service will be available soon. UniProt databases can be accessed online at or downloaded at .
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