Detecting circRNA in purified spliceosomal P complex.
Detecting circRNA in purified spliceosomal P complex.
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检测纯化剪接体 P 复合物中的 circRNA。
DOI：
10.1016/j.ymeth.2021.02.002
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发表时间：
2021-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Zhao R
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shi S;Li X;Zhao R
外显子反向剪接产生的环状 RNA (circRNA) 已在多种真核物种中发现，并发挥多种生物学功能。与规范剪接不同，反向剪接的机制长期以来一直难以捉摸。我们最近确定了在内含子上组装的酵母剪接体 E 复合物的冷冻电镜结构，这使我们推测相同的 E 复合物可以跨外显子组装形成外显子定义复合物。该复合物在长外显子上组装时，会经历剪接循环并催化反向剪接生成 circRNA。为了支持这一假设，我们纯化了酵母后催化剪接体 P 复合物（剪接循环中捕获剪接产物和中间体的最佳复合物），并检测了经典和反向剪接产物以及剪接中间体。在这里，我们详细描述了这个过程，它可能应用于其他生物体，以促进 circRNA 的生物发生和调控的研究。
Circular RNAs (circRNAs) generated from back-splicing of exons have been found in a wide range of eukaryotic species and exert a variety of biological functions. Unlike canonical splicing, the mechanism of back-splicing has long remained elusive. We recently determined the cryo-EM structure of the yeast spliceosomal E complex assembled on introns, leading us to hypothesize that the same E complex can assemble across an exon forming the exondefinition complex. This complex, when assembled on long exons, goes through the splicing cycle and catalyzes back-splicing to generate circRNAs. Supporting this hypothesis, we purified the yeast post-catalytic spliceosomal P complex (the best complex in the splicing cycle to trap splicing products and intermediates) and detected canonical and back-splicing products as well as splicing intermediates. Here we describe in detail this procedure, which may be applied to other organisms to facilitate research on the biogenesis and regulation of circRNA.
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DOI：
10.1261/rna.047126.114
发表时间：
2014-12
期刊：
RNA (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Lasda E;Parker R
通讯作者：
Parker R
影响因子：
4.8
作者：
COCQUERELLE, C;MASCREZ, B;BAILLEUL, B
通讯作者：
BAILLEUL, B
影响因子：
56.9
作者：
Cheng, Z;Menees, TM
通讯作者：
Menees, TM
影响因子：
4.1
作者：
Abdelmohsen, Kotb;Panda, Amaresh C.;Gorospe, Myriam
通讯作者：
Gorospe, Myriam
影响因子：
14.9
作者：
HAWKINS, JD
通讯作者：
HAWKINS, JD