PhyloCSF: a comparative genomics method to distinguish protein coding and non-coding regions.
PhyloCSF: a comparative genomics method to distinguish protein coding and non-coding regions.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr209
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发表时间：
2011-07-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Kellis M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Lin MF;Jungreis I;Kellis M
动机：由于高通量转录组测序为许多物种中的新转录本提供了证据，因此对于将小的基因组区域准确分类为蛋白质编码或非编码的方法有了新的需求。我们提出了PhyloCSF，这是一种新的比较基因组学方法，它基于系统发育密码子模型的正式统计比较，分析多物种核苷酸序列比对，以确定其是否可能代表一个保守的蛋白质编码区域。
结果：我们表明，在12种果蝇基因组比对中，PhyloCSF的分类性能超过了我们在先前研究中比较的所有其他方法。我们预计，随着许多其他物种、组织和亚细胞区室的转录组被测序，特别是在ENCODE和modENCODE的背景下，以及随着对长非编码RNA的兴趣增加（长非编码RNA通常最初是因其缺乏蛋白质编码潜力而非保守的RNA二级结构而被识别），这种方法将得到广泛应用。
可用性和实现：用于GNU/Linux和Mac OS X的Objective Caml源代码和可执行文件可在http://compbio.mit.edu/PhyloCSF免费获取。
联系方式：mlin@mit.edu；manoli@mit.edu
Motivation: As high-throughput transcriptome sequencing provides evidence for novel transcripts in many species, there is a renewed need for accurate methods to classify small genomic regions as protein coding or non-coding. We present PhyloCSF, a novel comparative genomics method that analyzes a multispecies nucleotide sequence alignment to determine whether it is likely to represent a conserved protein-coding region, based on a formal statistical comparison of phylogenetic codon models. Results: We show that PhyloCSF's classification performance in 12-species Drosophila genome alignments exceeds all other methods we compared in a previous study. We anticipate that this method will be widely applicable as the transcriptomes of many additional species, tissues and subcellular compartments are sequenced, particularly in the context of ENCODE and modENCODE, and as interest grows in long non-coding RNAs, often initially recognized by their lack of protein coding potential rather than conserved RNA secondary structures. Availability and Implementation: The Objective Caml source code and executables for GNU/Linux and Mac OS X are freely available at http://compbio.mit.edu/PhyloCSF Contact: mlin@mit.edu; manoli@mit.edu
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DOI：
10.1038/nrg2934
发表时间：
2011-02
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
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