A fundamental study of the PCR amplification of GC-rich DNA templates.
A fundamental study of the PCR amplification of GC-rich DNA templates.
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DOI：
10.1016/j.compbiolchem.2008.07.021
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发表时间：
2008-12
影响因子：
3.1
通讯作者：
Viljoen, H. J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mamedov, T. G.;Pienaar, E.;Whitney, S. E.;TerMaat, J. R.;Carvill, G.;Goliath, R.;Subramanian, A.;Viljoen, H. J.
给出了理论分析并进行了实验验证，最终证明了退火法在高效扩增富GC模板中所起的关键作用。重点分析了不同结合部位的引物的退火法(竞争退火法)，得到了退火率(η)与温度(TA)、退火期Ta和模板组成之间的定量关系。对于富含GC的模板，最佳效率存在于Ta和Ta的狭窄区域，而对于正常的GC模板，最佳效率存在于更宽的区域。为了验证理论结果，我们从人的cDNA模板中扩增出以下基因：ARX和HbB(GC分别为78.72%和52.99%)。理论计算结果与实验结果吻合较好。富含GC基因的最佳退火时间为3-6秒，并取决于退火温度。超过10秒的退火时间会产生涂片的PCR扩增产物。非富含GC的基因没有表现出对退火时间的这种敏感性。理论和实验结果表明，较短的退火时间不仅是高效扩增富GC模板的充分条件，而且是必要的。
A theoretical analysis is presented with experimental confirmation to conclusively demonstrate the critical role that annealing plays in efficient PCR amplification of GC-rich templates. The analysis is focused on the annealing of primers at alternative binding sites (competitive annealing) and the main result is a quantitative expression of the efficiency (η) of annealing as a function of temperature (TA), annealing period tA) and template composition. The optimal efficiency lies in a narrow region of TA and tA for GC-rich templates and a much broader region for normal GC templates. To confirm the theoretical findings, the following genes have been PCR amplified from human cDNA template: ARX, and HBB (with 78.72% and 52.99% GC respectively). Theoretical results are in excellent agreement with the experimental findings. Optimum annealing times for GC-rich genes lie in the range of 3 to 6 seconds and depend on annealing temperature. Annealing times greater than 10 seconds yield smeared PCR amplified products. The non-GC-rich gene did not exhibit this sensitivity to annealing times. Theory and experimental results show that, shorter annealing times are not only sufficient but also necessary for efficient PCR amplification of GC-rich templates.
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影响因子：
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作者：
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通讯作者：
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通讯作者：
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