A sequence level model of an intact locus predicts the location and function of nonadditive enhancers.
A sequence level model of an intact locus predicts the location and function of nonadditive enhancers.
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DOI：
10.1371/journal.pone.0180861
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发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
3.7
通讯作者：
Reinitz J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Barr KA;Reinitz J
后生动物基因的表达是通过含有增强子的长段非编码DNA的作用来控制的，增强子是负责控制基因表达模式的一个方面的较短序列。建立在热力学基础上的模型显示了增强子如何解释蛋白质浓度以确定基因表达的特定水平，但完整调控位点的紧急调控逻辑显示了与单独的增强子在质和量上的差异。这种差异可能是由于空间竞争限制了可以同时影响转录机制的DNA数量。我们将这种竞争纳入了基因调控的机制模型，为这一计算生成了有效的算法，并将其应用于果蝇偶数跳过(EVE)的调控。这个模型找到了增强子的位置，并确定了哪些因素控制了EVE表达的边界。这个模型预测了一种新的增强子，当在体内进行测试时，它会以非EVE模式驱动表达。染色质可及性的加入消除了这种不一致。
Metazoan gene expression is controlled through the action of long stretches of noncoding DNA that contain enhancers—shorter sequences responsible for controlling a single aspect of a gene’s expression pattern. Models built on thermodynamics have shown how enhancers interpret protein concentration in order to determine specific levels of gene expression, but the emergent regulatory logic of a complete regulatory locus shows qualitative and quantitative differences from isolated enhancers. Such differences may arise from steric competition limiting the quantity of DNA that can simultaneously influence the transcription machinery. We incorporated this competition into a mechanistic model of gene regulation, generated efficient algorithms for this computation, and applied it to the regulation of Drosophila even-skipped (eve). This model finds the location of enhancers and identifies which factors control the boundaries of eve expression. This model predicts a new enhancer that, when assayed in vivo, drives expression in a non-eve pattern. Incorporation of chromatin accessibility eliminates this inconsistency.
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影响因子：
2.4
作者：
Janssens, H;Kosman, D;Reinitz, J
通讯作者：
Reinitz, J
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1038/nrg3454
发表时间：
2013-06
期刊：
Nature reviews. Genetics
影响因子：
--
作者：
通讯作者：
--
影响因子：
4.5
作者：
Kaplan T;Li XY;Sabo PJ;Thomas S;Stamatoyannopoulos JA;Biggin MD;Eisen MB
通讯作者：
Eisen MB
影响因子：
30.8
作者：
Janssens, Hilde;Hou, Shuling;Reinitz, John
通讯作者：
Reinitz, John