PeroxiBase: a database with new tools for peroxidase family classification.
PeroxiBase: a database with new tools for peroxidase family classification.
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DOI：
10.1093/nar/gkn680
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发表时间：
2009-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Dunand C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Koua D;Cerutti L;Falquet L;Sigrist CJ;Theiler G;Hulo N;Dunand C
过氧化物酶（EC 1.11.1.x）是一类多基因家族编码的酶，参与多种重要的生理和发育过程。它们使用各种过氧化物作为电子受体来催化许多氧化反应，并且存在于几乎所有生物体中。我们已经建立了一个过氧化物酶数据库（peroxibase.isb-sib.ch），其中包含所有已鉴定的过氧化物酶编码序列（940种生物体中约6000个序列）。它们分布在11个总科和大约60个亚科之间。所有序列都已单独注释和检查。PeroxiBase可以使用六个主要的互联部分“类别”，“生物体”，“细胞定位”，“诱导剂”，“抑制剂”和“组织类型”进行查询。有关过氧化物酶和PeroxiBase的一般文档可在包含“简介”、“分类说明”、“出版物”和“链接”的“文档”部分访问。除了数据库，我们还开发了一种工具，根据PROSITE概况方法对过氧化物酶进行分类。为了提高它们的特异性并防止密切相关的亚家族之间的重叠，使用基于残基沉默的新策略建立了谱。这种新的配置文件的建设方法和它的歧视能力进行了测试和验证，使用不同的过氧化物酶家族和亚家族在数据库中。称为PeroxiScan的过氧化物酶分类工具可在以下地址访问：http://peroxibase.isb-sib.ch/peroxiscan.php。
Peroxidases (EC 1.11.1.x), which are encoded by small or large multigenic families, are involved in several important physiological and developmental processes. They use various peroxides as electron acceptors to catalyse a number of oxidative reactions and are present in almost all living organisms. We have created a peroxidase database (http://peroxibase.isb-sib.ch) that contains all identified peroxidase-encoding sequences (about 6000 sequences in 940 organisms). They are distributed between 11 superfamilies and about 60 subfamilies. All the sequences have been individually annotated and checked. PeroxiBase can be consulted using six major interlink sections ‘Classes’, ‘Organisms’, ‘Cellular localisations’, ‘Inducers’, ‘Repressors’ and ‘Tissue types’. General documentation on peroxidases and PeroxiBase is accessible in the ‘Documents’ section containing ‘Introduction’, ‘Class description’, ‘Publications’ and ‘Links’. In addition to the database, we have developed a tool to classify peroxidases based on the PROSITE profile methodology. To improve their specificity and to prevent overlaps between closely related subfamilies the profiles were built using a new strategy based on the silencing of residues. This new profile construction method and its discriminatory capacity have been tested and validated using the different peroxidase families and subfamilies present in the database. The peroxidase classification tool called PeroxiScan is accessible at the following address: http://peroxibase.isb-sib.ch/peroxiscan.php.
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