The 20 years of PROSITE.
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DOI：
10.1093/nar/gkm977
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发表时间：
2008-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Sigrist CJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hulo N;Bairoch A;Bulliard V;Cerutti L;Cuche BA;de Castro E;Lachaize C;Langendijk-Genevaux PS;Sigrist CJ
PROSITE包括描述蛋白质结构域、家族和功能位点的文档条目，以及用于识别它们的相关模式和配置文件。它是由ProRule补充，ProRule是基于配置文件和模式的规则集合，通过提供有关功能和/或结构关键氨基酸的额外信息来增加配置文件和模式的区分能力。在这篇文章中，我们描述了一种新的方法来分配一个状态模式匹配，新的PROSITE网页和一种新的方法来提高PROSITE方法的特异性和灵敏度的实现。PROSITE的最新版本（2007年9月11日第20.19版）包含1319个模式、745个配置文件和764个ProRules。在过去的2年里，大约有200个域被添加，现在53%的UniProtKB/Swiss-Prot条目（2007年9月11日发布的54.2版）都有一个PROSITE匹配。PROSITE可在网站上获得：http://www.expasy.org/prosite/。
PROSITE consists of documentation entries describing protein domains, families and functional sites, as well as associated patterns and profiles to identify them. It is complemented by ProRule, a collection of rules based on profiles and patterns, which increases the discriminatory power of profiles and patterns by providing additional information about functionally and/or structurally critical amino acids. In this article, we describe the implementation of a new method to assign a status to pattern matches, the new PROSITE web page and a new approach to improve the specificity and sensitivity of PROSITE methods. The latest version of PROSITE (release 20.19 of 11 September 2007) contains 1319 patterns, 745 profiles and 764 ProRules. Over the past 2 years, about 200 domains have been added, and now 53% of UniProtKB/Swiss-Prot entries (release 54.2 of 11 September 2007) have a PROSITE match. PROSITE is available on the web at: http://www.expasy.org/prosite/.
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