Evolution of glutamate dehydrogenase genes: evidence for lateral gene transfer within and between prokaryotes and eukaryotes.
Evolution of glutamate dehydrogenase genes: evidence for lateral gene transfer within and between prokaryotes and eukaryotes.
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DOI：
10.1186/1471-2148-3-14
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发表时间：
2003-06-23
影响因子：
3.4
通讯作者：
Roger AJ
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Andersson JO;Roger AJ
横向基因转移可以将具有新功能的基因导入基因组或用功能相似的直系同源物或旁系同源物替换基因。在这里，我们提出了一个研究的发生后一个基因置换现象的四个基因家族编码不同类别的谷氨酸脱氢酶（GDH），评估和比较的模式和横向基因转移（LGT）在原核生物和真核生物的速度。我们扩展了9个新的真核生物序列的gdh基因的分类单元采样，并结合最大似然系统发育分析研究了各种GDH类的系统发育分布模式。分布模式分析表明，LGT在4个gdh基因家族的进化中起着重要作用。事实上，通过系统发育分析鉴定了许多基因转移事件，包括许多原核内域转移、一些原核域间转移以及原核生物和微生物真核生物（原生生物）之间的若干域间转移。在gdh基因家族中，LGT显然以相似的程度影响真核生物和原核生物。在没有证据表明gdh基因家族的进化与其他家族有根本不同的情况下，这些结果表明基因转移可能是微生物真核生物基因组进化的一个重要进化机制。
Lateral gene transfer can introduce genes with novel functions into genomes or replace genes with functionally similar orthologs or paralogs. Here we present a study of the occurrence of the latter gene replacement phenomenon in the four gene families encoding different classes of glutamate dehydrogenase (GDH), to evaluate and compare the patterns and rates of lateral gene transfer (LGT) in prokaryotes and eukaryotes. We extend the taxon sampling of gdh genes with nine new eukaryotic sequences and examine the phylogenetic distribution pattern of the various GDH classes in combination with maximum likelihood phylogenetic analyses. The distribution pattern analyses indicate that LGT has played a significant role in the evolution of the four gdh gene families. Indeed, a number of gene transfer events are identified by phylogenetic analyses, including numerous prokaryotic intra-domain transfers, some prokaryotic inter-domain transfers and several inter-domain transfers between prokaryotes and microbial eukaryotes (protists). LGT has apparently affected eukaryotes and prokaryotes to a similar extent within the gdh gene families. In the absence of indications that the evolution of the gdh gene families is radically different from other families, these results suggest that gene transfer might be an important evolutionary mechanism in microbial eukaryote genome evolution.
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影响因子：
10.7
作者：
Strimmer, K;vonHaeseler, A
通讯作者：
vonHaeseler, A
DOI：
10.1099/00207713-52-5-1893
发表时间：
2002-09-01
影响因子：
2.8
作者：
Katz, LA
通讯作者：
Katz, LA
影响因子：
2.5
作者：
Qian, Q;Keeling, PJ
通讯作者：
Keeling, PJ
影响因子：
14.9
作者：
THOMPSON, JD;HIGGINS, DG;GIBSON, TJ
通讯作者：
GIBSON, TJ
DOI：
10.1073/pnas.092525699
发表时间：
2002-04-30
影响因子：
11.1
作者：
Striepen, B;White, MW;Abrahamsen, MS
通讯作者：
Abrahamsen, MS