m(6)A-LAIC-seq reveals the census and complexity of the m(6)A epitranscriptome.
m(6)A-LAIC-seq reveals the census and complexity of the m(6)A epitranscriptome.
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DOI：
10.1038/nmeth.3898
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发表时间：
2016-08
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Giallourakis CC
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Molinie B;Wang J;Lim KS;Hillebrand R;Lu ZX;Van Wittenberghe N;Howard BD;Daneshvar K;Mullen AC;Dedon P;Xing Y;Giallourakis CC
N6-甲基腺苷（m6 A）是一种广泛的、可逆的RNA分子化学修饰，涉及RNA代谢的许多方面。关于特定基因的多少转录本拷贝被m6 A修饰（“m6 A水平”）或m6 A修饰与替代RNA同种型的关系，存在很少的定量信息。为了去卷积m6 A表位转录组，我们开发了m6 A水平和亚型表征测序（m6 A-LAIC-seq）。我们发现，细胞表现出广泛的非化学计量的m6 A水平与细胞类型特异性。在异构体表征的水平，我们发现广泛的差异，在使用串联交替聚腺苷酸化（阿帕）位点的甲基化和非甲基化转录异构体的个别基因。值得注意的是，甲基化的转录物与近端阿帕位点偶联存在强烈的偏好，导致3′非翻译区缩短，而非甲基化的转录物亚型倾向于使用远端阿帕位点。m6 A-LAIC-seq产生了关于转录组复杂性的新观点，并将阿帕使用与m6 A修饰联系起来。
N6-Methyladenosine (m6A) is a widespread, reversible chemical modification of RNA molecules, implicated in many aspects of RNA metabolism. Little quantitative information exists as to either how many transcript copies of particular genes are m6A modified (‘m6A levels’) or the relationship of m6A modification(s) to alternative RNA isoforms. To deconvolute the m6A epitranscriptome, we developed m6A-level and isoform-characterization sequencing (m6A-LAIC-seq). We found that cells exhibit a broad range of nonstoichiometric m6A levels with cell-type specificity. At the level of isoform characterization, we discovered widespread differences in the use of tandem alternative polyadenylation (APA) sites by methylated and nonmethylated transcript isoforms of individual genes. Strikingly, there is a strong bias for methylated transcripts to be coupled with proximal APA sites, resulting in shortened 3′ untranslated regions, while nonmethylated transcript isoforms tend to use distal APA sites. m6A-LAIC-seq yields a new perspective on transcriptome complexity and links APA usage to m6A modifications.
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