Single-nucleotide-resolution mapping of m6A and m6Am throughout the transcriptome.
Single-nucleotide-resolution mapping of m6A and m6Am throughout the transcriptome.
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DOI：
10.1038/nmeth.3453
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发表时间：
2015-08
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Jaffrey, Samie R.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Linder, Bastian;Grozhik, Anya V.;Olarerin-George, Anthony O.;Meydan, Cem;Mason, Christopher E.;Jaffrey, Samie R.
N6-甲基腺苷（m6 A）是真核生物mRNA中最丰富的修饰碱基，与mRNA命运的多种影响有关。目前的m6 A定位方法将m6 A残基定位于转录物的100-200 nt长的区域。m6 A在mRNA中的精确位置不能在转录组水平上鉴定，因为没有化学方法来区分m6 A和腺苷。在这里，我们表明，抗m6 A抗体可以诱导特定的突变签名在m6 A残基后，紫外线诱导的抗体-RNA交联和逆转录。我们发现这些抗体在N6，2′-O-二甲基腺苷（m6 Am）处类似地诱导突变特征，这是在某些mRNA的第一个编码位置发现的核苷酸。使用这些突变的签名，我们映射m6 A和m6 Am在人类和小鼠mRNA的单核苷酸分辨率，并确定snoRNA作为一类新的m6 A含ncRNA。
N6-methyladenosine (m6A) is the most abundant modified base in eukaryotic mRNA and has been linked to diverse effects on mRNA fate. Current m6A mapping approaches localize m6A residues to 100–200 nt-long regions of transcripts. The precise position of m6A in mRNAs cannot be identified on a transcriptome-wide level because there are no chemical methods to distinguish between m6A and adenosine. Here we show that anti-m6A antibodies can induce specific mutational signatures at m6A residues after ultraviolet light-induced antibody-RNA crosslinking and reverse transcription. We find these antibodies similarly induce mutational signatures at N6,2′-O-dimethyladenosine (m6Am), a nucleotide found at the first encoded position of certain mRNAs. Using these mutational signatures, we map m6A and m6Am at single-nucleotide resolution in human and mouse mRNA and identify snoRNAs as a novel class of m6A-containing ncRNAs.
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