Efficient mapping of Applied Biosystems SOLiD sequence data to a reference genome for functional genomic applications.
Efficient mapping of Applied Biosystems SOLiD sequence data to a reference genome for functional genomic applications.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btn512
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发表时间：
2008-12-01
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Bergman NH
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Ondov BD;Varadarajan A;Passalacqua KD;Bergman NH
摘要：在这里，我们报告了SOC的开发（短寡核苷酸颜色空间），该程序旨在有效且灵活地映射应用生物系统的固体序列数据，以在参考基因组中执行其映射。它通过允许用户指定数量的不匹配来最大化可用数据。和分析以及芯片序列。
可用性：可执行文件，源代码和示例数据可在http://socs.biology.gatech.edu/上找到
联系人：nickbergman@gatech.edu
补充信息：可以在线生物信息学上获得补充数据。
Summary: Here, we report the development of SOCS (short oligonucleotide color space), a program designed for efficient and flexible mapping of Applied Biosystems SOLiD sequence data onto a reference genome. SOCS performs its mapping within the context of ‘color space’, and it maximizes usable data by allowing a user-specified number of mismatches. Sequence census functions facilitate a variety of functional genomics applications, including transcriptome mapping and profiling, as well as ChIP-Seq. Availability: Executables, source code, and sample data are available at http://socs.biology.gatech.edu/ Contact: nickbergman@gatech.edu Supplementary information: Supplementary data are available at Bioinformatics Online.
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