A local regulatory network around three NAC transcription factors in stress responses and senescence in Arabidopsis leaves.
A local regulatory network around three NAC transcription factors in stress responses and senescence in Arabidopsis leaves.
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DOI：
10.1111/tpj.12194
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发表时间：
2013-07
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Buchanan-Wollaston V
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Hickman R;Hill C;Penfold CA;Breeze E;Bowden L;Moore JD;Zhang P;Jackson A;Cooke E;Bewicke-Copley F;Mead A;Beynon J;Wild DL;Denby KJ;Ott S;Buchanan-Wollaston V
提出了一个模型，描述了围绕三个相似的 NAC 转录因子的基因调控网络，这些转录因子在拟南芥叶片衰老和胁迫反应中发挥作用。 ANAC019、ANAC055和ANAC072属于NAC结构域基因的同一进化枝并且具有重叠的表达模式。使用酵母 1-杂交分析和基因表达时程数据建模鉴定出的启动子 DNA/蛋白质相互作用组合已用于预测这些基因上游的调控网络。通过上游转录因子结合的不同组合以及建模来预测各种应激反应期间调节的相似性和差异。使用潜在上游基因的突变分析来测试和确认一些预测的相互作用。对 ANAC019 和 ANAC055 突变体在叶片衰老过程中不同时间的基因表达分析揭示了这些基因中每个基因的明显不同的作用。酵母 1-杂交分析被证明是一种有价值的工具，可以区分结合蛋白的进化枝，并可用于测试和量化与预测的启动子基序的蛋白质结合。
A model is presented describing the gene regulatory network surrounding three similar NAC transcription factors that have roles in Arabidopsis leaf senescence and stress responses. ANAC019, ANAC055 and ANAC072 belong to the same clade of NAC domain genes and have overlapping expression patterns. A combination of promoter DNA/protein interactions identified using yeast 1-hybrid analysis and modelling using gene expression time course data has been applied to predict the regulatory network upstream of these genes. Similarities and divergence in regulation during a variety of stress responses are predicted by different combinations of upstream transcription factors binding and also by the modelling. Mutant analysis with potential upstream genes was used to test and confirm some of the predicted interactions. Gene expression analysis in mutants of ANAC019 and ANAC055 at different times during leaf senescence has revealed a distinctly different role for each of these genes. Yeast 1-hybrid analysis is shown to be a valuable tool that can distinguish clades of binding proteins and be used to test and quantify protein binding to predicted promoter motifs.
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影响因子：
7.4
作者：
Allemeersch, J;Durinck, S;Kuiper, MTR
通讯作者：
Kuiper, MTR
DOI：
10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x
发表时间：
1995-01-01
影响因子：
5.8
作者：
BENJAMINI, Y;HOCHBERG, Y
通讯作者：
HOCHBERG, Y
影响因子：
11.6
作者：
Abe, H;Urao, T;Yamaguchi-Shinozaki, K
通讯作者：
Yamaguchi-Shinozaki, K
影响因子：
7.2
作者：
Gilmour, SJ;Zarka, DG;Thomashow, MF
通讯作者：
Thomashow, MF
影响因子：
11.4
作者：
Feys, BJ;Moisan, LJ;Parker, JE
通讯作者：
Parker, JE