Continuous wave W- and D-band EPR spectroscopy offer "sweet-spots" for characterizing conformational changes and dynamics in intrinsically disordered proteins.
Continuous wave W- and D-band EPR spectroscopy offer "sweet-spots" for characterizing conformational changes and dynamics in intrinsically disordered proteins.
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DOI：
10.1016/j.bbrc.2014.06.045
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发表时间：
2014-07-18
影响因子：
3.1
通讯作者：
Fanucci, Gail E.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Casey, Thomas M.;Liu, Zhanglong;Esquiaqui, Jackie M.;Pirman, Natasha L.;Milshteyn, Eugene;Fanucci, Gail E.
关键词：
定点自旋标记 (SDSL) 电子顺磁共振 (EPR) 光谱是表征生物大分子构象采样和动力学的强大工具。在这里，我们证明在高于 X 波段 (~ 9.5 GHz) 的频率下收集的硝基氧光谱对高动态本质无序蛋白质 (IDP) 采样的运动时间尺度具有敏感性。 68 个氨基酸的蛋白质 IA3 在两个不同的位点进行了自旋标记，并显示了该蛋白质在经历由三氟乙醇化学诱导的螺旋转变时的 X 波段、Q 波段 (35 GHz) 和 W 波段 (95 GHz) 光谱的比较。 W 波段的实验光谱显示出明显的线形色散，对应于相关时间从约 0.3 ns（非结构化）到约 0.6 ns（α 螺旋）的变化，如与模拟相比所示。 X 和 Q 波段的实验和模拟光谱显示在此范围内色散最小，说明 SDSL EPR 在较高频率下可用于表征 IDP 中的结构转变和动态。
Site-directed spin labeling (SDSL) electron paramagnetic resonance (EPR) spectroscopy is a powerful tool for characterizing conformational sampling and dynamics in biological macromolecules. Here we demonstrate that nitroxide spectra collected at frequencies higher than X-band (~ 9.5 GHz) have sensitivity to the timescale of motion sampled by highly dynamic intrinsically disordered proteins (IDPs). The 68 amino acid protein IA3, was spin-labeled at two distinct sites and a comparison of X-band, Q-band (35 GHz) and W-band (95 GHz) spectra are shown for this protein as it undergoes the helical transition chemically induced by tri-fluoroethanol. Experimental spectra at W-band showed pronounced line shape dispersion corresponding to a change in correlation time from ~ 0.3 ns (unstructured) to ~ 0.6 ns (α-helical) as indicated by comparison with simulations. Experimental and simulated spectra at X- and Q-bands showed minimal dispersion over this range, illustrating the utility of SDSL EPR at higher frequencies for characterizing structural transitions and dynamics in IDPs.
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影响因子：
6.8
作者：
Dunker, A. Keith;Silman, Israel;Sussman, Joel L.
通讯作者：
Sussman, Joel L.
DOI：
10.1073/pnas.0702172104
发表时间：
2007-07-17
影响因子：
11.1
作者：
Kim, Miyeon;Fanucci, Gail E.;Cafiso, David S.
通讯作者：
Cafiso, David S.
影响因子：
2.9
作者：
Ganesh, Omjoy K.;Green, Terry B.;Hagen, Stephen J.
通讯作者：
Hagen, Stephen J.
DOI：
10.1038/72378
发表时间：
2000-02-01
期刊：
NATURE STRUCTURAL BIOLOGY
影响因子：
--
作者：
Li, M;Phylip, LH;Gustchina, A
通讯作者：
Gustchina, A
影响因子：
3.3
作者：
Morin, Benjamin;Bourhis, Jean-Marie;Longhi, Sonia
通讯作者：
Longhi, Sonia