PHOSIDA 2011: the posttranslational modification database.
PHOSIDA 2011: the posttranslational modification database.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1159
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Mann M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Gnad F;Gunawardena J;Mann M
PHOSIDA（http：//www.example.com）的主要目的是管理从细菌到人类的各种物种的翻译后修饰位点。www.phosida.com自上一次报告以来，PHOSIDA的规模和范围都有了很大的发展。它包含来自9个不同物种的80000多个磷酸化、N-糖基化或乙酰化位点。所有的网站都是从高分辨率质谱数据使用相同的严格的质量标准。PHOSIDA的主要特点之一是提供广泛的分析工具。PHOSIDA由三个主要部分组成：数据库环境、预测平台和工具包部分。该数据库环境集成并结合了高分辨率蛋白质组数据和多个注释。高精度的物种特异性磷酸化和乙酰化位点预测器，在PHOSIDA中包含的修饰位点上进行训练，允许基于一级序列在计算机上确定任何蛋白质上的修饰位点。工具包部分包含从大规模数据集中搜索序列基序匹配或识别从头共有序列的方法。
The primary purpose of PHOSIDA (http://www.phosida.com) is to manage posttranslational modification sites of various species ranging from bacteria to human. Since its last report, PHOSIDA has grown significantly in size and evolved in scope. It comprises more than 80 000 phosphorylated, N-glycosylated or acetylated sites from nine different species. All sites are obtained from high-resolution mass spectrometric data using the same stringent quality criteria. One of the main distinguishing features of PHOSIDA is the provision of a wide range of analysis tools. PHOSIDA is comprised of three main components: the database environment, the prediction platform and the toolkit section. The database environment integrates and combines high-resolution proteomic data with multiple annotations. High-accuracy species-specific phosphorylation and acetylation site predictors, trained on the modification sites contained in PHOSIDA, allow the in silico determination of modified sites on any protein on the basis of the primary sequence. The toolkit section contains methods that search for sequence motif matches or identify de novo consensus, sequences from large scale data sets.
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