Viral crosslinking and solid-phase purification enables discovery of ribonucleoprotein complexes on incoming RNA virus genomes.
Viral crosslinking and solid-phase purification enables discovery of ribonucleoprotein complexes on incoming RNA virus genomes.
复制标题
病毒交联和固相纯化使人们能够在传入的RNA病毒基因组上发现核糖核蛋白复合体。
DOI：
10.1038/s41596-020-00429-6
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发表时间：
2021-01
期刊：
影响因子：
14.8
通讯作者：
Ascano M
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kim B;Arcos S;Rothamel K;Ascano M
进入的、复制前的病毒体RNA和宿主蛋白因子之间的初始相互作用在感染和免疫中是重要的。然而目前还没有方法来研究这些关键事件。我们建立了VIR-CLASP（VIRal Cross-Linking And Solid-phase Purification）来鉴定主要的病毒RNA-宿主蛋白相互作用。首先，用4-硫代尿苷（4SU）标记的RNA病毒感染宿主细胞，并用365 nm光照射以交联4SU标记的病毒基因组和来自宿主或病毒的相互作用蛋白。利用蛋白质变性缓冲液，通过固相可逆固定化（SPRI）珠纯化交联的RNA结合蛋白（RBP），然后进行蛋白质组学鉴定。使用VIR-CLASP，只有进入的病毒体RNA被4SU标记，因此交联事件特异性地发生在蛋白质和预复制的病毒体RNA之间。由于在蛋白质变性条件下的固相纯化，而不是序列特异性核酸纯化，用于下拉总RNA和交联的RBP，因此该方法有助于研究潜在的所有RNA病毒，而不管RNA序列如何。4SU标记病毒的制备需要约7天，VIR-CLASP需要1天。
The initial interactions between incoming, pre-replicated virion RNA and host protein factors are important in infection and immunity. Yet currently there are no methods to study these crucial events. We established VIR-CLASP (VIRal Cross-Linking And Solid-phase Purification) to identify the primary viral RNA-host protein interactions. First, host cells are infected with 4-thiouridine (4SU)-labeled RNA viruses and irradiated with 365 nm light to crosslink 4SU-labeled viral genomes and interacting proteins from host or virus. The cross-linked RNA binding proteins (RBPs) are purified by solid-phase reversible immobilization (SPRI) beads with protein denaturing buffers, and then identified by proteomics. With VIR-CLASP, only the incoming virion RNAs are labeled with 4SU, so cross-linking events specifically occur between proteins and pre-replicated virion RNA. Since solid-phase purification under protein-denaturing conditions, rather than sequence-specific nucleic acid purification, is used to pull-down total RNA and cross-linked RBPs, this method facilitates investigation of potentially all RNA viruses, regardless of RNA sequence. Preparation of 4SU-labeled virus takes ~7 days and VIR-CLASP takes 1 day.
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DOI：
10.1109/tvcg.2014.2346248
发表时间：
2014-12
影响因子：
5.2
作者：
Lex A;Gehlenborg N;Strobelt H;Vuillemot R;Pfister H
通讯作者：
Pfister H
影响因子：
64.5
作者：
Hafner M;Landthaler M;Burger L;Khorshid M;Hausser J;Berninger P;Rothballer A;Ascano M Jr;Jungkamp AC;Munschauer M;Ulrich A;Wardle GS;Dewell S;Zavolan M;Tuschl T
通讯作者：
Tuschl T
影响因子：
4.4
作者：
Asencio C;Chatterjee A;Hentze MW
通讯作者：
Hentze MW
病毒mRNA帽的2'-O甲基化通过IFIT家族成员逃避了宿主的限制。
影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
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影响因子：
16.8
作者：
通讯作者：
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