CASP prediction center infrastructure and evaluation measures in CASP10 and CASP ROLL.
CASP prediction center infrastructure and evaluation measures in CASP10 and CASP ROLL.
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DOI：
10.1002/prot.24399
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发表时间：
2014-02
影响因子：
2.9
通讯作者：
Fidelis, Krzysztof
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Kryshtafovych, Andriy;Monastyrskyy, Bohdan;Fidelis, Krzysztof
加州大学戴维斯分校的蛋白质结构预测中心通过识别预测目标，接受预测，进行标准评估，协助独立的CASP评估者，提出和归档结果，并促进与CASP和结构预测有关的信息交换，从而支持CASP实验。一般的。我们提供了中心实施的CASP基础架构的概述，并总结了用于评估最新一轮CASP预测的标准措施。引入了或重新设计了几个组件，特别是重新设计了CASP10，特别是改进的评估人员的常见网络工作空间；用于分析预测局部准确性的球形磨床可视化工具；全新的块用于评估联系人预测和接触辅助结构预测；扩展的评估和可视化工具，用于三级结构，改进和质量评估。还提供了进行CASP10和CASP滚动实验以及相关统计数据的技术方面。
The Protein Structure Prediction Center at the University of California, Davis, supports the CASP experiments by identifying prediction targets, accepting predictions, performing standard evaluations, assisting independent CASP assessors, presenting and archiving results, and facilitating information exchange relating to CASP and structure prediction in general. We provide an overview of the CASP infrastructure implemented at the Center, and summarize standard measures used for evaluating predictions in the latest round of CASP. Several components were introduced or significantly redesigned for CASP10, in particular an improved assessors' common web-workspace; a Sphere Grinder visualization tool for analyzing local accuracy of predictions; brand new blocks for evaluation contact prediction and contact-assisted structure prediction; expanded evaluation and visualization tools for tertiary structure, refinement and quality assessment. Technical aspects of conducting the CASP10 and CASP ROLL experiments and relevant statistics are also provided.
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影响因子：
2.9
作者：
Kryshtafovych, Andriy;Moult, John;Bales, Patrick;Bazan, J. Fernando;Biasini, Marco;Burgin, Alex;Chen, Chen;Cochran, Frank V.;Craig, Timothy K.;Das, Rhiju;Fass, Deborah;Garcia-Doval, Carmela;Herzberg, Osnat;Lorimer, Donald;Luecke, Hartmut;Ma, Xiaolei;Nelson, Daniel C.;van Raaij, Mark J.;Rohwer, Forest;Segall, Anca;Seguritan, Victor;Zeth, Kornelius;Schwede, Torsten
通讯作者：
Schwede, Torsten
影响因子：
2.9
作者：
Keedy, Daniel A.;Williams, Christopher J.;Richardson, Jane S.
通讯作者：
Richardson, Jane S.
影响因子：
14.9
作者：
Zemla, A
通讯作者：
Zemla, A
影响因子：
14.9
作者：
Wiederstein, Markus;Sippl, Manfred J
通讯作者：
Sippl, Manfred J
DOI：
10.1107/s0907444909042073
发表时间：
2010-01
期刊：
Acta crystallographica. Section D, Biological crystallography
影响因子：
--
作者：
Chen VB;Arendall WB 3rd;Headd JJ;Keedy DA;Immormino RM;Kapral GJ;Murray LW;Richardson JS;Richardson DC
通讯作者：
Richardson DC