The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement.
The development of selected reaction monitoring methods for targeted proteomics via empirical refinement.
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DOI：
10.1002/pmic.201200042
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发表时间：
2012-04
期刊：
影响因子：
3.4
通讯作者：
MacCoss, Michael J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bereman, Michael S.;MacLean, Brendan;Tomazela, Daniela M.;Liebler, Daniel C.;MacCoss, Michael J.
在过去的几年里，软件的进步对蛋白质组学从方法开发到数据分析产生了重大影响。在这里，我们详细介绍了一种方法，该方法使用我们内部开发的软件工具Skyline，用于从靶蛋白质中经验性地细化候选肽。该方法由4个主要步骤组成，从生成可检验的假设、方法开发、肽精制到肽验证。最终目标是确定在电离效率、重现性、特异性和色谱特性方面表现最佳的肽，以作为蛋白质丰度的替代物进行监测。重要的是要强调，该方法允许用户使用可用的仪器在样品基质和感兴趣的微生物中执行该细化程序。最后，在一个案例研究中证明了该方法，以确定最好的肽来监测肺抽吸物中表面活性蛋白B的丰度。
Software advancements in the last several years have had a significant impact on proteomics from method development to data analysis. Herein we detail a method, which uses our in-house developed software tool termed Skyline, for empirical refinement of candidate peptides from targeted proteins. The method consists of 4 main steps from generation of a testable hypothesis, method development, peptide refinement, to peptide validation. The ultimate goal is to identify the best performing peptide in terms of ionization efficiency, reproducibility, specificity, and chromatographic characteristics to monitor as a proxy for protein abundance. It is important to emphasize that this method allows the user to perform this refinement procedure in the sample matrix and organism of interest with the instrumentation available. Finally, the method is demonstrated in a case study to determine the best peptide to monitor the abundance of surfactant protein B in lung aspirates.
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影响因子：
9.9
作者：
Lange, Vinzenz;Picotti, Paola;Domon, Bruno;Aebersold, Ruedi
通讯作者：
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作者：
Barnidge, DR;Goodmanson, MK;Muddiman, DC
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Muddiman, DC
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作者：
Kirkpatrick, DS;Gerber, SA;Gygi, SP
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Gygi, SP
影响因子：
4.4
作者：
Craig, R;Cortens, JP;Beavis, RC
通讯作者：
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3.3
作者：
Grewal, RN;El Aribi, H;Hopkinson, AC
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Hopkinson, AC