Profiling RNA at chromatin targets in situ by antibody-targeted tagmentation.
Profiling RNA at chromatin targets in situ by antibody-targeted tagmentation.
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DOI：
10.1038/s41592-022-01618-9
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发表时间：
2022-11
期刊：
影响因子：
48
通讯作者：
Ahmad, Kami
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Khyzha, Nadiya;Henikoff, Steven;Ahmad, Kami
尽管绘制染色质结合蛋白的技术已经很发达，但绘制染色质相关RNA仍然是一个挑战。在这里，我们描述了逆转录和标签（RT&Tag），其中与染色质表位相关的RNA被抗体靶向，然后是蛋白质A-Tn 5转座体。局部逆转录产生RNA/cDNA杂交体，其随后被Tn 5转座酶标签片段化用于下游测序。我们证明了RT&Tag在果蝇细胞中的实用性，用于捕获非编码RNA roX 2与剂量补偿复合物和与沉默组蛋白修饰相关的成熟转录本。我们还表明，RT&Tag可以检测N6-甲基腺苷修饰的mRNA，并显示产生甲基化转录本的基因的特点是广泛的启动子暂停的RNA聚合酶II。原位抗体拴系和标签化的高效率使RT&Tag特别适合于染色质相关RNA的快速低成本分析。这项工作提出了RT&Tag，它在完整的细胞核中捕获目标蛋白附近的RNA分子。
Whereas techniques to map chromatin-bound proteins are well developed, mapping chromatin-associated RNAs remains a challenge. Here, we describe Reverse Transcribe and Tagment (RT&Tag), in which RNAs associated with a chromatin epitope are targeted by an antibody followed by a protein A-Tn5 transposome. Localized reverse transcription generates RNA/cDNA hybrids that are subsequently tagmented by Tn5 transposases for downstream sequencing. We demonstrate the utility of RT&Tag in Drosophila cells for capturing the noncoding RNA roX2 with the dosage compensation complex and maturing transcripts associated with silencing histone modifications. We also show that RT&Tag can detect N6-methyladenosine-modified mRNAs, and show that genes producing methylated transcripts are characterized by extensive promoter pausing of RNA polymerase II. The high efficiency of in situ antibody tethering and tagmentation makes RT&Tag especially suitable for rapid low-cost profiling of chromatin-associated RNAs. This work presents RT&Tag, which captures RNA molecules in proximity to a protein of interest in intact nuclei.
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DOI：
10.1093/bioinformatics/btr064
发表时间：
2011-04-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Grant CE;Bailey TL;Noble WS
通讯作者：
Noble WS
DOI：
10.1093/bioinformatics/btx346
发表时间：
2017-10-01
期刊：
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子：
--
作者：
Gel B;Serra E
通讯作者：
Serra E
影响因子：
48
作者：
Langmead, Ben;Salzberg, Steven L.
通讯作者：
Salzberg, Steven L.
DOI：
10.1073/pnas.1919800117
发表时间：
2020-02-11
影响因子：
11.1
作者：
Di, Lin;Fu, Yusi;Wang, Jianbin
通讯作者：
Wang, Jianbin
影响因子：
16
作者：
Akhtar, Junaid;Renaud, Yoan;Junion, Guillaume
通讯作者：
Junion, Guillaume