Pseudocohnilembus persalinus genome database - the first genome database of facultative scuticociliatosis pathogens.
Pseudocohnilembus persalinus genome database - the first genome database of facultative scuticociliatosis pathogens.
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Pseudocohnilembus persalinus 基因组数据库 - 第一个兼性盾纤毛病病原体基因组数据库
DOI：
10.1186/s12864-018-5046-6
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发表时间：
2018-09-14
期刊：
影响因子：
4.4
通讯作者：
Xiong J
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Wei W;Chen K;Miao W;Yang W;Xiong J
背景：persalinus Pseudocohnilembus是一种单细胞纤毛原生动物，是最常见的兼性病原体之一。我们于2015年对P. persalinus进行了大核基因组测序，为其致病性提供了新的认识。结果：在此，我们建立了第一个关于裸毛纤毛病病原体的基因组数据库——persalinus基因组数据库（PPGD） （http://ciliates.ihb.ac.cn/database/home/#pp）。PPGD整合了紫杉树大核基因组学和转录组学数据，包括基因组序列、转录物、基因表达数据和基因注释，以及其生物学、形态学和分类学的相关信息。数据库还提供了可视化、分析和下载数据的功能。结论：PPGD是研究肩胛骨或肩胛骨病的有用资源。我们将继续通过整合更多的数据对PPGD进行更新，并力争将PPGD与其他纤毛虫数据库进行整合，构建一个全面的纤毛虫基因组数据库。
Background:Pseudocohnilembus persalinus, a unicellular ciliated protozoan, is one of commonest facultative pathogens. We sequenced the macronuclear genome of P. persalinus in 2015, which provided new insights into its pathogenicity.Results:Here, we present the P. persalinus genome database (PPGD) ( http://ciliates.ihb.ac.cn/database/home/#pp ), the first genome database for the scuticociliatosis pathogens. PPGD integrates P. persalinus macronuclear genomic and transcriptomic data, including genome sequence, transcript, gene expression data, and gene annotation, as well as relevant information on its biology, morphology and taxonomy. The database also provides functions for visualizing, analyzing, and downloading the data.Conclusion:PPGD is a useful resource for studying scuticociliates or scuticociliatosis. We will continue to update the PPGD by integrating more data and aim to integrate the PPGD with other ciliate databases to build a comprehensive ciliate genome database.
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