Temporal-iCLIP captures co-transcriptional RNA-protein interactions.
Temporal-iCLIP captures co-transcriptional RNA-protein interactions.
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DOI：
10.1038/s41467-023-36345-y
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发表时间：
2023-02-08
影响因子：
16.6
通讯作者：
Heick Jensen, Torben
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Cordiner, Ross A.;Dou, Yuhui;Thomsen, Rune;Bugai, Andrii;Granneman, Sander;Heick Jensen, Torben
动态 RNA-蛋白质相互作用控制 RNA 聚合酶 II (RNAPII) 衍生转录物的共转录包装。然而，我们目前对体内这一过程的理解主要源于稳态分析。为了解决这个问题，我们在这里进行了时间 iCLIP (tiCLIP)，将 RNAPII 转录同步与 RNA-蛋白质复合物在连续时间点的 UV 交联相结合。我们将 tiCLIP 应用于 RNA 导出接头 ALYREF；核外泌体靶向 (NEXT) 复合物 RBM7 的一个组成部分；和核帽结合复合物（CBC）。无论功能如何，所有测试的因子都会在新生 RNA 离开 RNAPII 时与它相互作用。此外，我们证明前mRNA剪接的两个酯交换步骤在时间上将ALYREF和RBM7与剪接中间体的结合分开，并且外显子-外显子连接密度驱动ALYREF的RNA 5'端结合。最后，我们确定了 RBM7 执行的 snoRNA 3' 末端处理中未被充分重视的步骤。总而言之，我们的数据提供了转录早期阶段 RNA-蛋白质相互作用的时间视图。动态 RNA-蛋白质相互作用控制 RNA 聚合酶 II 衍生转录物的共转录包装。在这里，作者使用了时间 iCLIP，它将转录同步与 RNA-蛋白质复合物的 UV 交联相结合，以揭示转录早期及之后的动态 RNA-蛋白质相互作用。
Dynamic RNA-protein interactions govern the co-transcriptional packaging of RNA polymerase II (RNAPII)-derived transcripts. Yet, our current understanding of this process in vivo primarily stems from steady state analysis. To remedy this, we here conduct temporal-iCLIP (tiCLIP), combining RNAPII transcriptional synchronisation with UV cross-linking of RNA-protein complexes at serial timepoints. We apply tiCLIP to the RNA export adaptor, ALYREF; a component of the Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex, RBM7; and the nuclear cap binding complex (CBC). Regardless of function, all tested factors interact with nascent RNA as it exits RNAPII. Moreover, we demonstrate that the two transesterification steps of pre-mRNA splicing temporally separate ALYREF and RBM7 binding to splicing intermediates, and that exon-exon junction density drives RNA 5′end binding of ALYREF. Finally, we identify underappreciated steps in snoRNA 3′end processing performed by RBM7. Altogether, our data provide a temporal view of RNA-protein interactions during the early phases of transcription. Dynamic RNA-protein interactions govern the co-transcriptional packaging of RNA polymerase II derived transcripts. Here the authors use temporal-iCLIP which combines transcriptional synchronisation with UV cross-linking of RNA-protein complexes to reveal dynamic RNA-protein interactions during the early phases of transcription and beyond.
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影响因子：
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作者：
Huppertz, Ina;Attig, Jan;D'Ambrogio, Andrea;Easton, Laura E.;Sibley, Christopher R.;Sugimoto, Yoichiro;Tajnik, Mojca;Koenig, Julian;Ule, Jernej
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Bertrand E